Victory for Tadahiko Taida and Eddie Lawson at the Suzuka 8 Hourse in 1990

Докато през 80-те години „Крал Кени” Робъртс и Еди Лоусън бяха носители на титлата на Световния шампионат за Гранд При при 500-кубиковите за Yamaha, в началото на 90-те години щафетата пое Уейн Рейни.

През 1990 г. Рейни участва в интензивна битка с мотоциклетиста на Хонда Кевин Шванц, но в крайна сметка претендира за титлата на мотоциклетистите. Благодарение на неговите съотборници от Yamaha, Хуан Гарига, Жан-Филип Руджа, Кристиан Сарън и Еди Лосън, всички, които завършиха в топ 10, Yamaha също така спечели шампионата на конструкторите. 

Fierce battle at the 1990 Japanese GP between #1 Eddie Lawson, Mick Doohan (Honda), Kevin Schwantz (Suzuki) and Wayne Gardner (Honda) in pursuit of Wayne Rainey

Wayne Rainey wins Australian and US GP in 1991, setting the foundation for his 2nd consecutive championships title.

В резултат Yamaha спечели увереност в новото си поколение мотоциклетисти, съсредоточени около Уейн Рейни и вложи повече енергия в откриването на нов талант. В същото време бяха направени големи постижения с фабричната машина YZR500. През 1989 г. Yamaha представи дневник за данни на фабричния мотоциклет YZR500 (OWA8), последван от OWC1 през 1990 г. с преработени размери и по-висока мощност на двигателя, след това OWD3 през 1991 г., който включва компютърно електронно окачване (CES). Всички тези промени допринесоха за поредните титли на Рейни. Разбира се, съперниците на Yamaha в никакъв случай не стояха безучастно. Петима от най-добрите състезатели последователно водеха – Уейн Рейни (Yamaha), Кевин Шванц (Honda), Мик Дохан (Honda), Уейн Гарднър и Еди Лосън (Cagiva) – все на мощни фабрични машини и редовно се състезаваха за най-добрите отличия през годината, което доведе до вълнуващи състезания, събиращи фенове по целия свят. 

Тъй като разликата между фабричните екипи – с най-новите високопроизводителни машини и най-добрите мотоциклетисти – и частните лица – сблъскващи се с трудности при придобиването на състезателни машини или по-стари GP машини – постоянно нарастваше, Yamaha започва да продава двигателя OWC1 и да дава под наем напълно нови мотоциклети на някои отбори през 1992 г. Това доведе до 23 мотора, задвижвани от Yamaha в на стартовата линия, включително OWE0 с най-новите спецификации, по-стари YZR500s и частно конструирана техника, с монтирани двигатели YZR500. Въпреки че Yamaha не спечели титлата на конструкторите през тази година, Уейн Рейни беше претендент за титлата на мотоциклетистите за трети пореден път.  През 1993 г. битката между най-добрите състезатели – Рейни, Шванц, Духан, Лука Кадалора (съотборник на Рейни) и Дарил Бити, отново беше много оспорвана. Рейни водеше първенството до 11-ия кръг, подхранвайки очакванията за четвърти пореден шампионат. За съжаление, късметът му обърна гръб. Поемайки преднината в третата обиколка на Гранд При на нациите в Мисано, той загуби контрол, когато излезе от първия завой на 10-ата обиколка и падна много лошо. Той получи сериозни наранявания на гърба, които сложиха край на състезателната му кариера. През тази година Yamaha успя да спечели титлата на конструкторите благодарение на натрупаните точки на Рейни, което го постави на второ място в крайното класиране, четвърто място за Кадалора и финални позиции за останалите мотоциклетисти на Yamaha. Управлявайки YZR500 (OWF9) с по-висока смукателна ефективност, благодарение на системата за налягане на въздушната кутия, Лука Кадалора се класира на второ и трето място съответно през 1994 и 1995 г. 

Luca Cadalora rode four times on YZR250 (1987-199) and later a YZR500 (1992-1995, 1997-1998)

Norifumi “Norick” Abe was overjoyed when he won the 1996 Japanese GP.

През 1996 г. и следващите години, симпатиите към Норифуми „Norick“ Абе и Масимилиано „Max“ Биаджи постоянно нарастваха, като те управляваха допълнително усъвършенстваните YZR500, които предлагат прахови бутала, преработен ъгъл на V-банката, положение на задвижващата ос и други иновации. Те обаче не успяха да попречат на конкуренцията да вземе шампионските титли. Отне шест човека и 11 сезона, преди Yamaha отново да спечели титлите на конструкторите и мотоциклетистите в Световния шампионат за Гранд При на 500-кубиковите. Управлявайки YZR250 (OWB9), с 90° двоен V-двигател с единичен колянов вал и регулатор на взаимната връзка, Джон Кочински се появи за първи път на Световния шампионат за Гранд При на 250-кубиковите през 1990 г. и спечели първенството в последния кръг, след битка рамо до рамо с водача на Honda – Карлос Кардус.  Няколко години по-късно, през 1993 г., японският мотоциклетист Тецуя Харада, който спечели Японското шосейно първенство година по-рано, се превърна в сериозен претендент срещу най-добрите състезатели на борда на своя TZ250M (0WF3), като Кочински (който наскоро се премести в Suzuki), Биаджи, Капироси, Реджиани (Honda) и Руджа (Aprilla), спечелвайки състезания в началото на сезона и осигурявайки си ключови точки. Накрая, намалявайки износването на гумите през първата половина на финала в Ярама, Испания, Харада отприщи темпото си в 20-тата обиколка, преминавайки гореспоменатите състезатели един по един, за да постигне сензационна победа, като стана вторият световен шампион на Япония.

Въпреки много опити и поради различни неуспехи, Харада и Yamaha не успяха да си върнат титлата при 250-кубиковите през следващите години – 1994 (седмо място), 1995 (подгласник, с новия YZR250, представен в последното състезание) и 1996 (осмо място). След двугодишна пауза в класа на 250-кубиковите, през 1999 г. Yamaha отново се завърна с екип от мотоциклетисти на фабрични машини Шиня Накано и Оливие Жак. През тази година Накано успя да завърши четвърти, а Жак – седми. Въпреки това, в началото на хилядолетието тези двама мотоциклетисти разиграха драматична битка за първенството. TZ125 се завърна през 90-те години. С набирането на световна известност на японските състезатели в 125-кубиковия клас на Световния шампионат за Гранд При, Yamaha се устреми да разшири базата си за състезателни пътища и да си възвърне титлата, възобновявайки развитието на TZ125. Победата на Йошаки Като в Общояпонския шосеен шампионат за 125-кубикови по прототип на TZ125 доведе до връщането на TZ125 в Световния шампионат за Гран При през 1993 г. Хорхе Мартинес беше този, който най-накрая спечели и донесе първата победа на Yamaha при 125-кубиковите за последните близо 20 години. Извън Световния шампионат за Гранд При, Ясумото Нагай, Кристиан Сарън и Доминик Сарън се обединиха с YZF750 за състезанието за издръжливост Bol d’Or 24 часа през 1994 г. Те спечелиха надпреварата с рекордните 667 обиколки.

Yasumoto Nagai at the 1994 Bol d’Or 24 Hours – winning championship’s title with Christian and Dominique Sarron.

#41 Noriyuki Haga won the 1997 All Japan Superbike Championship.

Yamaha също беше много активна в Световния супербайк шампионат. Ясумото Нагай заемаше силна позиция в шампионата, когато претърпя фатален инцидент по време на холандския кръг през 1995 година. В края на този сезон той въпреки това зае пето място. Колин Едуардс успя да стане пети през 1996 г., Скот Ръсел беше шести през 1997 г., а Нориуки Хага, който се присъедини към отбора през 1998 г. и плени много фенове със своя твърд, но непретенциозен стил шофиране, се изкачи, за да се класира на второ място през третия си сезон. В края на 90-те години Yamaha представи 4-тактов YZF-R7, за да замени 4YZF750, като натрупа ценен опит и данни за разработването на 4-тактов двигател, използван в Световния шампионат за Гран При на 500-кубика.Yamaha също беше много активна в Световния супербайк шампионат. Ясумото Нагай заемаше силна позиция в шампионата, когато претърпя фатален инцидент по време на холандския кръг през 1995 година. В края на този сезон той въпреки това зае пето място. Колин Едуардс успя да стане пети през 1996 г., Скот Ръсел беше шести през 1997 г., а Нориуки Хага, който се присъедини към отбора през 1998 г. и плени много фенове със своя твърд, но непретенциозен стил шофиране, се изкачи, за да се класира на второ място през третия си сезон. В края на 90-те години Yamaha представи 4-тактов YZF-R7, за да замени 4YZF750, като натрупа ценен опит и данни за разработването на 4-тактов двигател, използван в Световния шампионат за Гран При на 500-кубика.

През 1997 г. Yamaha отново влезе в клас 500 кубика с новоразработената, лека, компактна и високоефективна 4-тактова фабрична машина YZM400F (0WH2). През същата година мотоциклетистът на Yamaha, Андреа Бартолини, застана на подиума осем пъти, включително четири мото победи за пето място в крайното класиране, а Питър Йохансон стана шести. През 1999 г., след като спечели седмото си мото за сезона, Бартолини стана първият световен шампион по мотокрос на 500 кубика от 16 години насам. Неговият съотборник Пузар, както и мотоциклетистите на Yamaha – Франциско Гарсия Вико и Мишка Алтонен с производствени машини YZ400F допринесоха за това Yamaha да спечели втората си титла на производител за 500 кубика от 1978 г.

The YZM400F (0WH2) was Yamaha’s first 4-stroke motocrosser. Its first win was in 1997 when Bartolini won the first moto 500cc Motorcross World Championship round in Italy.

After an unfortunate 1997 season, Doug Henry won the 1998 AMA 250cc Motocross title on a 0WK4 based on the YZ400F production model.

Привидно неограничената мощност на 4-тактовата Yamaha също беше широко използвана в САЩ. През 1997 г. Дъг Хенри спечели финалната надпревара в AMA Supercross season за 250-кубиковите с YZM400F (0WH2), като стана първият човек, спечелил AMA Supercross събитие на 4-тактов мотокрос мотоциклет.

Приблизително по същото време се възроди силата на традиционния 2-тактов двигател. Yamaha не беше печелила титлата на AMA Supercross от 1989 г., но през 1996 и 1997 г. Кевин Уиндъм взе титлата за 125-кубиковите в Западен регион, последван от Джот Дод (Западен регион) през 1998 г., Ernesto Fonseca (Източен регион) през 1999 г. и Стефание Ронкада (Източен регион) през 2000 г. – като всички управляваха YZ125. В основния клас за 250 кубика Джеръми Мак Грат спечели три поредни първенства (1998-2000 г.) с YZ250M. Сред всичките си състезателни дейности през 90-те години на миналия век, Yamaha се отличи най-много на рали Париж-Дакар. Въпреки че стартовите, финалните позиции и маршрутите се промениха през 90-те години на миналия век и следователно името му, основният характер на това събитие – продължително приключение на дълги разстояния в Африка, остана непроменен. Това важи и за факторите, които печелят: 1) мотоциклетист с превъзходна техника, силна решителност и равномерна преценка, 2) много опитна подкрепа със знания и технически умения за справяне с евентуални проблеми или аварии, които могат да възникнат, и 3) високоефективна офроуд машина, която е маневрена, бърза и издръжлива. На Yamaha най-често ѝ липсваше последното в оптималния баланс на тези три елемента.

Stéphane Peterhansel attending the YZE850T (0WD8), Yamaha’s last factory machine, in 1993. Yamaha took the 1-2-3 podium places that year.

Stéphane Peterhansel won his sixth  Dakar on the in-line 2-cylinder TDM850-based XTZ850TRX in 1998.

Най-накрая, през 1991 г. то се случи. Yamaha подготви осем YZE750T (0WC5) машини с подобрени характеристики на ниски и средни скорости, както и съвместимост за по-нискокачествени бензини. Стефан Петерхансел, Жил Лалай и Тиери Магналди заеха и трите места на подиума, което даде на Yamaha третата ѝ победа на Дакар и първата ѝ от 10 години насам. Peterhansel продължи да печели три последователни пъти с YZE750T (0WD8), като обемът на двигателя му се увеличи до 850 кубика. През 1994 г. на Yamaha не ѝ остана друг избор, освен да се оттегли поради промени в регулациите. Но през 1995 г. компанията се завърна отново с модела XTZ850R, за да задоволи правилата за записване, които уточняват, че „не може да се продават по-малко от 15 машини на общия пазар". Стефан Петерхансел веднага победи. Еди Ориоли доминира през 1996 г. в Дакар с актуализиран XTZ850TR, а през 1997 и 1998 г. Петерхансел отново беше победител, записвайки шест рекордни победи в кариерата си. Yamaha събра общо девет победи на Дакар и свали завесата на 20-годишната си история в състезания от първото рали Париж-Дакар.

Каскадьорските дейности на Yamaha, започнали в началото на 70-те години с Мик Андрюс, се фокусираха основно в Япония през 80-те и 90-те години. Atsushi Ito и Yamaha спечелиха Общояпонския траял шампионат през 1987, 1988 и 1990 г. с TY250R, оборудван с монокрос окачване. През 1991 г. Иошихиро Накагава спечели титлата, като Паскал Кутюрьор победи в шампионата през 1993 г. с производствен модел TY250Z. В това време японската икономика навлезе в продължителен икономически спад, което оказа значително влияние върху мотоциклетната индустрия.  Yamaha за пореден път намали мащаба на своите състезателни активности и участието ѝ в изпитания неизбежно бе прекратено през втората половина на 90-те години.

Kings of the African Dessert – Stéphane Peterhansel claims a history-making sixth win in the Paris-Dakar Rally, surpassing Cyril Neveu (five wins).