Saison 2000 MotoGP dans la catégorie 250 cm³. La rivalité entre les équipiers Shinya Nakano et Olivier Jacque atteint des sommets. Les deux pilotes montent ensemble sur le podium à dix reprises et s’adjugent quatre doublés

La catégorie 250 cm³ a donné lieu à des joutes épiques entre les équipiers Olivier Jacque et Shinya Nakano, tous deux sur des YZR250 (OWL5) d’usine. La bataille a finalement été remportée par Jacque, Nakano affichant seulement sept points de retard, Yamaha obtenant ainsi les titres pilote et constructeur. Toutefois, Yamaha a décidé de réduire sa participation officielle cette année-là. La YZR250 a participé au Championnat du monde moto pour la dernière fois en 2002 avec Sebastián Porto et Shahrol Yuzy.

Malgré la présence de huit pilotes au cours de la saison 2001 du championnat 500 cm³, dont Max Biaggi, neuf fois sur le podium cette année-là, Yamaha n’a pas réussi à remporter le titre. En 2002, les nouvelles machines 4 temps des constructeurs ont fait leurs débuts tant attendus. C’est également la dernière saison durant laquelle les pilotes de 500 cm³ à 2 temps ont pu s’aligner sur la grille. Cette année-là, le championnat a officiellement pris le nom de MotoGP.

Son orgueil de constructeur piqué au vif, Yamaha a développé une toute nouvelle YZR-M1 (0WP3) pour 2004, dotée d'un nouveau moteur avec un vilebrequin Crossplane et une séquence d'allumage asynchrone. Le son de l'échappement était complètement différent, comparable à un grondement puissant et profond. Le cadre a également été entièrement revu, optimisant sa rigidité, son équilibre, sa répartition du poids et sa géométrie, ce qui a considérablement accru la compétitivité de la moto. En plus d’une machine d’usine radicalement nouvelle, Yamaha s'est également offert une carte maîtresse en signant le Champion du monde en titre, âgé de 25 ans, Valentino Rossi. Rossi était non seulement un pilote incroyablement rapide, mais il avait également un talent remarquable pour le développement de la moto, qualités qui lui ont valu son surnom : « The Doctor ». Rossi a confirmé sa réputation en exploitant le potentiel de la YZR-M1 à plus de 100 %. Tout au long de la saison, il a remporté des courses décisives (neuf victoires en 16 manches) pour obtenir son quatrième titre consécutif en championnat. Pour Yamaha, c’était la première couronne des pilotes dans la catégorie reine depuis 12 ans. 

Un nouveau champion Yamaha. Valentino Rossi n’a pas seulement été un prétendant au titre. Il a également joué un rôle essentiel dans le développement de la YZR-M1

Course MotoGP à Laguna Seca en 2005. Valentino Rossi et Colin Edwards pilotent des YZR-M1 (0WP4) arborant une décorant spéciale célébrant le 50e Anniversaire de Yamaha

Avec Rossi, 2005 a été encore plus fructueuse, Yamaha réalisant le triplé (pilote, équipe et constructeur) en MotoGP. L’année suivante, Rossi et Yamaha ont été en proie à des accidents et à des problèmes à répétition, le « Doctor » n’obtenant que la deuxième place au championnat. En 2007, Rossi s’est classé troisième lorsque le règlement a limité les machines de MotoGP à 800 cm³. Toutefois, en 2008, Rossi a repris le titre et l’a remporté à nouveau en 2009, aidant Yamaha à coiffer la triple couronne deux saisons consécutives. Mais comme tous les partenariats solides et prolifiques ont une fin, Rossi et Yamaha se sont séparés à la fin des années 2000.

Les courses de championnat du monde de Superbike sont disputées sur des machines basées sur des motos de série 4 temps. Les règlements en matière de modification sont beaucoup plus stricts, réduisant ainsi les coûts, ce qui génère un écart de performance moindre entre les constructeurs. Cela facilite la participation des privés, ce qui se traduit par des compétitions férocement disputées.

« The Doctor » est en consultation. Ses retours précieux ont aidé à configurer la machine pour les années à venir

Rossi : « La YZR-M1 (0WS5) 2008 est une de mes machines préférées ». Il remporte neuf victoires pendant cette saison et apporte sa seconde Triple Couronne à Yamaha

Noriyuki Haga a débuté le Championnat du monde de Superbike 2000 au guidon de la YZF-R7 sur les chapeaux de roues, remportant les première et deuxième courses. Malheureusement, il a été établi que Haga avait enfreint l’un des règlements de la série. Par conséquent, des points ont été retranchés et une interdiction de course lui a été imposée. Ainsi, malgré quatre victoires et 11 podiums au cours de la saison, Haga a manqué le titre et terminé deuxième.

Haga est devenu une star mondiale du Superbike grâce à son style de pilotage agressif. Proche de remporter le championnat en 2001, Yamaha a décidé de retirer son support d’usine de la série pour mettre l’accent sur le développement de la moto et les améliorations pour le Championnat du monde MotoGP, désormais destiné aux machines 4 temps. C’est ainsi que Haga a débuté sa carrière de pilote de Grand Prix.

Noriyuki Haga a réalisé une saison exceptionnelle en 2000, se battant pour le titre du Championnat du monde SuperBike

Confirmant leur statut de spécialistes de l’endurance, Sébastian Gimbert (image), David Checa et William Costes ont remporté le Championnat du monde d’Endurance au guidon de la Yamaha de l’équipe GMT94 en 2004

En 2005, Yamaha est revenu en Championnat du monde de Superbike, tandis que les règlements avaient été modifiés en 2003 afin de permettre la participation de machines de 1 000 cm³ à 4 cylindres. Le modèle de base de Yamaha a évolué de la YZF-R7 vers la YZF-R1. Yamaha Motor Italy et Yamaha Motor France présentaient deux équipes composées de Haga, Andrew Pitt, Norifumi Abe et Sébastian Gimbert. Haga a obtenu les meilleurs résultats en se hissant huit fois sur le podium, et en finissant troisième au classement général au cours de cette saison. Pilote Yamaha jusqu'en 2008, Haga n’a jamais terminé plus bas que la troisième place au classement des pilotes. Aux côtés de son équipier Troy Corser, il a offert à Yamaha son premier titre mondial des constructeurs en Superbike en 2007.

En 2009, c’est l'américain Ben Spies qui a remporté 14 courses lors de sa première campagne pour devenir le premier Champion du monde de Superbike de Yamaha. L’année suivante, il est passé en MotoGP. À l’occasion du Championnat du monde d’endurance, les modèles Superbike YZF-R7 et YZF-R1 se sont également mises en évidence. En 2000, l’équipe Yamaha Motor France a remporté le Bol d'Or sur la R7. En 2004, l’équipe GMT24 de Yamaha a obtenu d'excellents résultats sur la série des six événements avec la YZF-R1, offrant à Yamaha son premier titre de Champion du monde d’endurance. L’équipe GMT94 de Yamaha a également remporté le Bol d'Or en 2007. L’équipe Yamaha Austria Racing a remporté les 24 heures du Mans en ouverture de la nouvelle saison avec la toute nouvelle YZF-R1 et son nouveau vilebrequin Crossplane. Suite à trois autres victoires sur les six manches, l’équipe a remporté le titre de Champion du monde d’endurance 2009.

Le Championnat du monde de Supersport a été créé en 1999, ouvert aux motos sportives de série de 600 cm3. Les équipes, dirigées par des entreprises et des importateurs européens de Yamaha ont fait des étincelles avec la YZF-R6, après avoir remporté le premier titre des constructeurs de la série. L’année suivante, Yamaha a remporté le titre des pilotes et des constructeurs avec Jörg Teuchert. En 2001, même si le leader aux points Paolo Casoli a été battu pour le titre au cours de la manche finale, les pilotes de la Yamaha R6 se sont classés deuxième, troisième et quatrième, assurant ainsi à Yamaha son troisième titre consécutif des constructeurs.

À partir de 2005, la R6 a régulièrement joué les premiers rôles au sein du championnat WorldSSP, Kevin Curtain et Broc Parkes se partageant la deuxième place du championnat trois ans de suite. Cal Crutchlow a couronné la fin de la décennie avec cinq victoires, 10 podiums et 10 pôle positions.

Les Championnats du monde de Superbike, de Supersport et d’endurance, qui représentaient le summum des courses impliquant des motos inspirée des modèles de série, ont cultivé leurs différences avec la MotoGP, alors que leur popularité croissait à l’échelle mondiale, en établissant leurs propres valeurs et leur singularité dans le monde de la compétition moto.

Jörg Teuchert a été Champion du monde Supersport en 2000. En 2001, il a terminé troisième, assurant le troisième titre constructeur pour Yamaha

À l’occasion de la deuxième édition de la YAMAHA ASEAN CUP RACE en 2004, 50 pilotes en provenance d’Indonésie, de Malaisie, des Philippines, de Singapour et de Thaïlande ont été sélectionnés pour participer à la course

Lorsque Yamaha a commencé à se développer à l’étranger dans les années 1960, elle a reconnu les pays asiatiques comme l’Indonésie et la Malaisie comme des marchés potentiellement importants et a envoyé des pilotes japonais participer aux événements locaux. Yamaha a continué à promouvoir les sports mécaniques dans ces pays en organisant des cours de pilotage, des cours pour parents et enfants, etc. Avec la mise en place de la Yamaha Asean Cup Race en 2003 - une porte d'entrée pour les jeunes pilotes désireux de passer de l'anonymat aux séries internationales et à la MotoGP - Yamaha n'a cessé d’apporter son soutien à ce grand rêve sur tout le continent.

Sur la scène tout-terrain, Andrea Bartolini, sur la YZ426F d'usine, a offert à Yamaha son quatrième titre des pilotes et son premier titre depuis 1983. L’année suivante, lui et son équipier, Marnicq Bervoets, ont enfourché une version améliorée de la YZ426FM d'usine, avec l'objectif d'obtenir un autre titre. La régularité de Bervoets lui a valu la deuxième place, tandis que Bartolini, qui a pris un départ trop lent au championnat, a terminé quatrième. 

Lorsque Yamaha a commencé à se développer à l’étranger dans les années 1960, elle a reconnu les pays asiatiques comme l’Indonésie et la Malaisie comme des marchés potentiellement importants et a envoyé des pilotes japonais participer aux événements locaux. Yamaha a continué à promouvoir les sports mécaniques dans ces pays en organisant des cours de pilotage, des cours pour parents et enfants, etc.

Avec la mise en place de la Yamaha Asean Cup Race en 2003 - une porte d'entrée pour les jeunes pilotes désireux de passer de l'anonymat aux séries internationales et à la MotoGP - Yamaha n'a cessé d’apporter son soutien à ce grand rêve sur tout le continent. Sur la scène tout-terrain, Andrea Bartolini, sur la YZ426F d'usine, a offert à Yamaha son quatrième titre des pilotes et son premier titre depuis 1983.

L’année suivante, lui et son équipier, Marnicq Bervoets, ont enfourché une version améliorée de la YZ426FM d'usine, avec l'objectif d'obtenir un autre titre. La régularité de Bervoets lui a valu la deuxième place, tandis que Bartolini, qui a pris un départ trop lent au championnat, a terminé quatrième. 

Stefan Everts a remporté son second titre consécutif en 2002. Il célèbre cette victoire avec son team manager Michele Rinaldi (à sa gauche)

Chad Reed sur une YZ250 deux-temps 125 cm³ pendant la saison de l’AMA Supercross East Region en 2003. Il finit à la seconde place dans la catégorie 250 cm³ avant de remporter le titre en 2004.

À l’époque des succès de Bartolini, Yamaha a commencé à développer ce qui serait la première moto de motocross 4 temps de 250 cm³ : la YZ250F. Ernesto Fonseca a piloté un prototype de cette machine lors de la dernière manche du Championnat japonais, le GP du Japon, en 2000 et a obtenu une première victoire. Le modèle a été commercialisé en 2001, permettant à Fonseca de remporter un titre AMA 125 cm³ de Supercross (région de l’Ouest), et à Hisashi Tajima de gagner le All-Japan Motocross Championship 125 cm³. 

En 2002, Chad Reed a obtenu le titre de Supercross AMA de la région Est en 125 cm³, et en MX2, c’est Antonio Cairoli qui a été sacré champion en 2005 et 2007 avec la YZ250F. Pourtant, lors du Championnat AMA Supercross 250 cm³, les 2 temps, avec leur puissance explosive, se sont montrés plus compétitifs, les 4 temps n’étant pas en mesure de les concurrencer. Les trois titres consécutifs de Jeremy McGrath (1998-2000) et le championnat 2004 de Chad Reed ont tous été gagnés sur la YZ250 2 temps. Toutefois, lorsque la nouvelle YZ450F a été introduite, avec un cadre en aluminium, en 2006, presque toutes les équipes de Supercross, y compris celles de Yamaha, ont opté pour des 4 temps. Reed a remporté un autre titre pour Yamaha en 2008 et James Stewart en a fait de même l’année suivante.

La catégorie MX2 du Championnat du Monde Motocross 2005 a accueilli de nombreux pilotes au guidon d’une YZ250F. Antonio Cairoli a surpassé ses adversaires en l’emportant à treize reprises, décrochant le titre de pilote et en offrant le titre 

David Frétigné sur la WR450F 2-TRAC sur le rallye Paris-Dakar 2004. Il remporte la catégorie Super Production 450 cm³ et finit septième au classement général

En dehors du Championnat du monde de motocross, Yamaha Motor France est revenu à la compétition lors de la 26e édition du Dakar, avec David Frétigné au guidon de la WR450F 2-Trac, qui utilisait un système hydraulique à deux roues motrices. Il a terminé la course, remportant la catégorie Super Production 400 cm³ et finissant septième au classement général dans la catégorie motos. En 2005, il a terminé cinquième au classement général et à nouveau remporté la catégorie Super Production 400 cm³. Lorsque le 31e Dakar a été déplacé en Amérique du Sud en 2009, Frétigné a piloté la WR450F pour terminer troisième au classement général. Les aventures de Yamaha dans le désert se poursuivront au cours des dix années suivantes.