Pekka Vehonen a remporté le titre en 250 cm³, seul pilote Yamaha engagé dans le Championnat du monde de motocross en 1990 et s’est classé septième sur la moto d’usine l’année suivante, tandis que Peter Johansson a pris le quatrième rang sur une YZ250 de série. Yamaha a également pris la décision de réorganiser la structure de son équipe. Le siège européen de Yamaha travaille désormais en collaboration avec Michele Rinaldi, qui avait dirigé des équipes professionnelles. Par ailleurs, Donny Schmidt et Alessandro Puzar ont rejoint l’équipe et, avec Robert Moore dans l’équipe Yamaha Belgarda et d’autres, Yamaha a aligné cinq équipes et six pilotes dans le Championnat du monde de motocross.
Les nouvelles équipes de Yamaha ont connu rapidement des heures de gloire en 1992. Donny Schmidt est devenu le sixième pilote Yamaha à remporter le Championnat du monde de motocross en 250 cm³, tandis que Moore et Puzar ont pris respectivement la deuxième et la quatrième place, ce qui permit à Yamaha de conquérir son cinquième titre des constructeurs. En 1994, Yamaha est revenu à la compétition dans la catégorie des 125 cm³. Moore a remporté ce championnat au guidon d’une YZ125, entièrement redessinée pour l’équipe Rinaldi. En 1997, Alessio Chiodi, de l’équipe Yamaha Belgarda, a remporté le troisième titre de pilote en 125 cm³ de Yamaha. En outre, grâce aux performances de ces pilotes, Yamaha a remporté le titre des constructeurs en 1994, 1995, 1997 et 1998.