Μετά από μια εγκατάλειψη το 1990, σε έναν αγώνα στον οποίο προηγείτο στα πρώτα του στάδια, ο Peterhansel επέστρεψε στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ το 1991 για να οδηγήσει την ολοκαίνουργια Yamaha YZE750T, η οποία είχε να επιδείξει καλύτερες επιδόσεις στις μεσαίες και χαμηλές στροφές.
Πλέον, με τη σημαντική τριετή εμπειρία του στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ, ο Peterhansel τέθηκε επικεφαλής του ράλι στο πέμπτο σκέλος Dirkou και Agadez και, παρόλο που κατάφερε να αποσπάσει τη νίκη μόνο σε ένα σκέλος, η συνεπής και ισορροπημένη απόδοσή του τον έστεψε επάξια νικητή του ράλι Παρίσι-Ντακάρ του 1991, χαρίζοντας στη Yamaha την πρώτη της νίκη μέσα σε 10 χρόνια.
Το 1992 ο Peterhansel κατέκτησε τη δεύτερη νίκη του στο Ντακάρ, του οποίου ο τερματισμός έγινε για μοναδική φορά στο Κέιπ Τάουν, στη Νότια Αφρική, με τέσσερις νίκες σε ισάριθμα σκέλη για την αναβαθμισμένη Yamaha των 850 κ. εκ. Το επόμενο έτος, ο Γάλλος αναβάτης πέτυχε τρεις νίκες στη σειρά, ανακτώντας χαμένο έδαφος λόγω προβλήματος στις αρχές του αγώνα και παίρνοντας τελικά τη νίκη στο σημείο του τερματισμού, αφότου είχε επιστρέψει στην πρωτεύουσα της Σενεγάλης.
Ο Peterhansel δεν έτρεξε στη σεζόν του 1994, κατά την οποία η Yamaha αναγκάστηκε να αποσυρθεί λόγω αλλαγών στους κανονισμούς. Ωστόσο επέστρεψε θριαμβευτικά με μια αναβαθμισμένη XTR860TR. Ξεκινώντας από τη Γρανάδα, αγωνίστηκε με τον αντίπαλο Jordi Arcarons σε όλη την διάρκεια του αγώνα, προχωρώντας στην τελική αντεπίθεση σε τέσσερα από τα πέντε τελευταία σκέλη και κερδίζοντας έναν τέταρτο τίτλο στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ.
Το 1997, ο Peterhansel έφτασε το ρεκόρ του Cyril Neveu με την πέμπτη του νίκη στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ, μετά από αδιαμφισβήτητα την πιο εντυπωσιακή του επίδοση, πετυχαίνοντας επτά νίκες και κερδίζοντας με διαφορά πάνω από δυόμισι ώρες.
Στην επόμενη διοργάνωση, ο Peterhansel έγινε ο πλέον επιτυχημένος αναβάτης μοτοσυκλέτας στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ, με τρεις νίκες και ένα δυνατό σερί τερματισμών στην πρώτη τριάδα, οι οποίες του απέφεραν έναν έκτο τίτλο. Αυτή θα ήταν η τελευταία του προσπάθεια στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ με μοτοσυκλέτα, καθώς στη συνέχεια έστρεψε την προσοχή του στις τετράτροχες αγωνιστικές προσπάθειες.
Τις επόμενες δύο δεκαετίες, ο Peterhansel θα κατακτήσει επτά νίκες στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ με τρεις διαφορετικούς κατασκευαστές, η πρώτη από τις οποίες ήρθε το 2004. Μέχρι σήμερα, έχει κερδίσει 80 σκέλη και το 2019 στέφθηκε πρωταθλητής στο Παγκόσμιο Κύπελλο της FIA στα εκτός δρόμου ράλι, κερδίζοντας το Abu Dhabi Desert Challenge.