Νίκη για τους Tadahiko Taida και Eddie Lawson, σε αγώνα 8 ωρών της Suzuka το 1990

Ενώ στη δεκαετία του 1980, οι "King Kenny" Roberts και Eddie Lawson ήταν οι νικητές των Grand Prix των 500 κ.εκ. για τη Yamaha, ο Wayne Rainey ήταν αυτός που πήρε τη σκυτάλη στις αρχές της δεκαετίας του 1990.

Το 1990, ο Rainey είχε εμπλακεί σε μια σκληρή μάχη με τον Kevin Schwantz της Suzuki, και μέσα από αυτή τελικά κατέκτησε τον τίτλο αναβατών. Χάρη στους συναθλητές αναβάτες της Yamaha, Juan Garriga, Jean-Philippe Ruggia, Christian Sarron και Eddie Lawson, οι οποίοι τερμάτισαν στην πρώτη δεκάδα, η Yamaha κέρδισε επίσης το Πρωτάθλημα Κατασκευαστών. 

Σκληρή μάχη στο Ιαπωνικό Πρωτάθλημα το 1990, μεταξύ των: Eddie Lawson #1, Mick Doohan (Honda), Kevin Schwantz (Suzuki) και Wayne Gardner (Honda) επιδιώκοντας να φτάσουν τον Wayne Rainey

Ο Wayne Rainey κέρδισε το Αυστραλιακό και Αμερικάνικο Πρωτάθλημα το 1991, διατηρώντας τον τίτλο του για δεύτερη διαδοχική φορά

Ως αποτέλεσμα, η Yamaha απέκτησε εμπιστοσύνη στη νέα γενιά αναβατών, η οποία επικεντρώνεται γύρω από τον Wayne Rainey και ενέτεινε τις προσπάθειές της για την ανακάλυψη νέων ταλέντων.

Την ίδια στιγμή, έγιναν σημαντικές πρόοδοι όσον αφορά την εργοστασιακή μοτοσυκλέτα YZR500. Το 1989, η Yamaha εισήγαγε ένα καταγραφικό δεδομένων στην εργοστασιακή μοτοσυκλέτα YZR500 (OWA8) και το 1990 ακολούθησε η OWC1 με αναθεωρημένες διαστάσεις και υψηλότερη απόδοση κινητήρα και ακολούθησε η OWD3 το 1991, με ηλεκτρονική ανάρτηση ελεγχόμενη από υπολογιστή (CES). Όλες αυτές οι αλλαγές συνέβαλαν στους συνεχόμενους τίτλους του Rainey.

Φυσικά, οι αντίπαλοι της Yamaha σε καμία περίπτωση δεν έμειναν άπραγοι. Πέντε κορυφαίοι αναβάτες μάχονταν σταθερά για τις πρώτες θέσεις: οι Wayne Rainey (Yamaha), Kevin Schwantz (Suzuki), Mick Doohan (Honda), Wayne Gardner και Eddie Lawson (Cagiva), με πανίσχυρες εργοστασιακές μηχανές και συχνά συναγωνίζονταν για τη νίκη, με αποτέλεσμα συναρπαστικούς αγώνες που καθήλωσαν τους οπαδούς σε όλο τον κόσμο. 

Καθώς το χάσμα μεταξύ των εργοστασιακών ομάδων, οι οποίες διέθεταν τις πιο πρόσφατες μηχανές υψηλών επιδόσεων και τους καλύτερους αναβάτες, και τις ιδιωτικές συμμετοχές που δυσκολεύονταν να αποκτήσουν μηχανές παραγωγής ή είχαν παλιότερες μηχανές GP, αυξανόταν σταθερά, η Yamaha άρχισε να πωλεί τον κινητήρα OWC1 και νοίκιασε εντελώς νέες μοτοσυκλέτες σε ορισμένες ομάδες το 1992.

Αυτό είχε ως αποτέλεσμα να υπάρχουν 23 μοτοσυκλέτες με κινητήρες Yamaha στη σειρά εκκίνησης, όπως μηχανές με κινητήρα OWE0 με τις πιο πρόσφατες προδιαγραφές, παλαιότερες YZR500 και ιδιωτικής κατασκευής μοτοσυκλέτες με κινητήρες YZR500. Παρόλο που η Yamaha δεν κέρδισε τον τίτλο των κατασκευαστών εκείνο το έτος, ο Wayne Rainey κατέκτησε τον τίτλο αναβατών για τρίτη συνεχόμενη φορά.

Το 1993, η μάχη μεταξύ των κορυφαίων αναβατών, του Rainey, του Schwantz, του Doohan, του Luca Cadalora (συναθλητή του Rainey) και του Daryl Beattie ήταν άκρως ανταγωνιστική. Ο Rainey ηγήθηκε του πρωταθλήματος μέχρι τον 11ο γύρο, αυξάνοντας τις προσδοκίες για ένα τέταρτο συνεχόμενο πρωτάθλημα. Δυστυχώς, η τύχη του άλλαξε προς το χειρότερο. Παίρνοντας το προβάδισμα στον τρίτο γύρο του GP των Εθνών στο Misano, έχασε τον έλεγχο κατά την έξοδο από την πρώτη στροφή στον 10ο γύρω και έπεσε άσχημα. Τραυματίστηκε σοβαρά στην μέση του και εξαιτίας αυτού έβαλε τέλος στην αγωνιστική του καριέρα. Εκείνο το έτος η Yamaha είχε ακόμα πιθανότητες να κερδίσει τον τίτλο των κατασκευαστών, χάρη στους βαθμούς που είχε συσσωρεύσει ο Rainey, οι οποίοι τον έφεραν στη δεύτερη θέση της τελικής βαθμολογίας και χάρη στην τέταρτη θέση του Cadalora και τις τελικές θέσεις των υπόλοιπων αναβατών της Yamaha.

Οδηγώντας μια YZR500 (OWF9) με υψηλότερης απόδοσης εισαγωγή χάρη στο σύστημα συμπίεσης του φίλτρου αέρα, ο Luca Cadalora κατατάχθηκε δεύτερος και τρίτος το 1994 και το 1995 αντίστοιχα. 

Ο Luca Cadalora οδήγησε τέσσερις φορές πάνω στην YZR250 (1987-1990) και αργότερα με την YZR500 (1992-1995, 1997-1998)

Ο Norifumi “Norick” Abe φαίνεται πολύ χαρούμενος μετά τη νίκη του στο Ιαπωνικό Πρωτάθλημα το 1996

Από το 1996 και τα επόμενα χρόνια, αναβάτες όπως Norifumi "Rick" Abe και Massimiliano "Max" Biaggi κατακτούσαν σταθερά υψηλές θέσεις στο πρωτάθλημα, οδηγώντας τις ακόμα πιο εξελιγμένες YZR500 με ειδικής μεταλλουργικής κατεργασίας έμβολα, τροποποιημένη γωνία V, θέση κινητήριου άξονα και άλλες καινοτομίες. Ωστόσο, δεν κατάφεραν να εμποδίσουν τον ανταγωνισμό να κερδίζει πρωταθλήματα. Θα έπρεπε να περάσουν έξι και 11 σεζόν προτού η Yamaha κερδίσει ξανά τον τίτλο των κατασκευαστών και των αναβατών στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Grand Prix των 500 κ.εκ.

Οδηγώντας YZR250 (OWB9), με κινητήρα V-Twin 90° με έναν μονό στρόφαλο και διάταξη εξισορρόπησης συνδυασμού δυνάμεων, ο John Kocinski έτρεξε στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα των 250 κ.εκ. για πρώτη φορά το 1990 και κέρδισε το πρωτάθλημα στον τελευταίο γύρο, μετά από μια κλειστή μονομαχία με τον Carlos Cardús της Honda.

Λίγα χρόνια αργότερα, το 1993, ο Ιάπωνας αναβάτης Tetsuya Harada, ο οποίος είχε κερδίσει το Πρωτάθλημα Japan Road Race την προηγούμενη χρονιά, αποδείχθηκε σοβαρός αντίπαλος κόντρα στους κορυφαίους αναβάτες με την TZ250M (0WF3), όπως ο Kocinski (ο οποίος πρόσφατα υπέγραψε στη Suzuki), ο Biaggi, οι Capirossi και Reggiani (Honda) και ο Ruggia (Aprilla), κερδίζοντας αγώνες στις αρχές της σεζόν και εξασφαλίζοντας σημαντικούς τερματισμούς σε βαθμολογούμενες θέσεις.

Τέλος, ελαχιστοποιώντας τη φθορά των ελαστικών κατά το πρώτο ήμισυ του τελικού γύρου στην Jarama της Ισπανίας, ο Harada ανέβασε καταιγιστικά το ρυθμό του στον 20ο γύρο και πέρασε έναν - έναν όλους τους προαναφερόμενους αναβάτες, παίρνοντας μια εντυπωσιακή νίκη. Έτσι έγινε ο δεύτερος Παγκόσμιος Πρωταθλητής από την Ιαπωνία.

Παρά τις πολλές απόπειρες και εξαιτίας διάφορων δυσκολιών, ο Harada και η Yamaha δεν κατόρθωσαν να διεκδικήσουν ξανά τον τίτλο στα 250 κ.εκ. τα επόμενα χρόνια, το 1994 (έβδομη θέση), το 1995 (δεύτερος με τη νέα YZR250 να παρουσιάζεται στον τελευταίο αγώνα) και το 1996 (όγδοη θέση).

Μετά από διετή απουσία από τα 250 κ.εκ., η Yamaha ξαναμπήκε στην κατηγορία το 1999 με τους αναβάτες της εργοστασιακής ομάδας Shinya Nakano και Olivier Jacques. Ο Nakano κατέκτησε την τέταρτη θέση στη γενική κατάταξη εκείνο το έτος, με τον Jacques στην έβδομη θέση. Ωστόσο, με την έλευση της νέας χιλιετίας, αυτοί οι δύο αναβάτες θα μάχονταν αδυσώπητα για το πρωτάθλημα. Η TZ125 επέστρεψε στη δεκαετία του 1990.

Καθώς οι Ιάπωνες αναβάτες άρχισαν να αποκτούν διεθνή προβολή στην κατηγορία των 125 κυβικών του Παγκοσμίου Πρωταθλήματος Grand Prix, η Yamaha επεδίωξε να διευρύνει την αγωνιστική βάση της και να κατακτήσει ξανά τον τίτλο, συνεχίζοντας την εξέλιξη της TZ125. Η νίκη του Yoshiaki Kato στο Πρωτάθλημα All-Japan Road Race στα 125 κυβικά με μια πρωτότυπη TZ125 οδήγησε στην επιστροφή της TZ125 στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Grand Prix για το 1993. Ήταν ο Jorge Martinez που τελικά νίκησε και έδωσε στη Yamaha την πρώτη της νίκη στα 125 κυβικά σε περίπου 20 χρόνια. Πέρα από τα Παγκόσμια Πρωταθλήματα Grand Prix, οι Yasumoto Nagai, Christian Sarron και Dominique Sarron ένωσαν τις δυνάμεις τους για τον Αγώνα Αντοχής Bol d'Or 24 Hours του 1994 με YZF750. Κέρδισαν τον αγώνα καλύπτοντας τον αριθμό ρεκόρ των 667 γύρων.

Ο Yasumoto Nagai στον Αγώνα Bol d’Or, διάρκειας 24 ωρών, το 1995 – κέρδισε τον Παγκόσμιο Τίτλο με τον Christian και Dominique Sarron.

Ο Noriyuki Haga #41 κέρδισε το Ιαπωνικό Πρωτάθλημα Superbike το 1997

Η Yamaha ήταν επίσης πολύ δραστήρια στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Superbike. Ο Yasumoto Nagai είχε ισχυρή θέση στο Πρωτάθλημα μέχρι το μοιραίο του ατύχημα κατά τη διάρκεια του γύρου της Ολλανδίας του 1995. Στο τέλος αυτής της εξακολουθούσε να βρίσκεται στην πέμπτη θέση. Ο Colin Edwards κατάφερε να τερματίσει πέμπτος το 1996, ο Scott Russell ήταν έκτος το 1997 και ο Noriyuki Haga ο οποίος εντάχθηκε στην ομάδα το 1998 και συνεπήρε πολλούς οπαδούς με το σκληρό αλλά και ανεπιτήδευτο στυλ του, κέρδισε σταδιακά έδαφος και κατέλαβε τη δεύτερη θέση στην τρίτη του σεζόν. Στα τέλη της δεκαετίας του 1990, η Yamaha παρουσίασε την τετράχρονη YZF-R7 που αντικατέστησε τη 4YZF750, αποκτώντας πολύτιμη εμπειρία και δεδομένα για την ανάπτυξη ενός τετράχρονου κινητήρα για χρήση στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Grand Prix των 500 κ.εκ.

Το 1997, η Yamaha κατέβηκε ξανά στην κατηγορία των 500 κ.εκ. με την πρόσφατης εξέλιξης, ελαφριά, compact και υψηλής απόδοσης τετράχρονη εργοστασιακή μοτοσυκλέτα YZM400F (0WH2). Εκείνο το έτος, ο Andrea Bartolini της Yamaha ανέβηκε οκτώ φορές στο βάθρο της γενικής κατάταξης, μεταξύ των οποίων οι τέσσερις νίκες Moto για την πέμπτη θέση στην τελική βαθμολογία, με τον Peter Johansson να έρχεται έκτος. Το 1999, έχοντας κερδίσει το έβδομο moto της σεζόν, ο Bartolini έγινε ο πρώτος παγκόσμιος πρωταθλητής motocross της Yamaha στα 500 κ.εκ. εδώ και 16 χρόνια. Ο συναθλητής του Puzar, καθώς και οι αναβάτες της Yamaha Francisco Garcia Vico και Miska Aaltonen, με YZ400F παραγωγής, συνέβαλαν στο να κερδίσει η Yamaha τον δεύτερο τίτλο κατασκευαστών στα 500 κ.εκ. από το 1978.

Η YZM400F (0WH2) ήταν η πρώτη τετράχρονη μοτοσυκλέτα cross. Η πρώτη της νίκη ήταν το 1997, όταν ο Bartolini κέρδισε τον πρώτο γύρο στα 500κ.εκ. στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Motorcross στην Ιταλία.

Έπειτα από μία ατυχή σεζόν το 1997, ο Doug Henry κέρδισε το 1998 τον τίτλο AMA Motocross στα 250 κ.εκ, πάνω στην 0WK4, βασισμένη στην YZ400F (μοντέλο παραγωγής)

Η φαινομενικά απεριόριστη ισχύς της τετράχρονης Yamaha χρησιμοποιήθηκε επίσης σε ευρεία κλίμακα στις ΗΠΑ. Ο Doug Henry κέρδισε τον τελικό αγώνα της σεζόν AMA 250cc Supercross του 1997 με τη YZM400F (0WH2), και έγινε ο πρώτος που κέρδισε αγώνα AMA Supercross με τετράχρονη μοτοσυκλέτα motocross.

Περίπου την ίδια εποχή, αναβίωσε η ισχύς της παραδοσιακής δίχρονης. Η Yamaha είχε να κερδίσει τίτλο AMA Supercross από το 1989, αλλά το 1996 και 1997 ο Kevin Windham πήρε τον τίτλο των 125 κυβικών στη Δύση, ακολουθούμενος από τον John Dowd (επίσης στη Δύση) το 1998, τον Ernesto Fonseca (Ανατολή) το 1999 και τον Stephane Roncada (Ανατολή) το 2000 – όλοι με μοτοσυκλέτες YZ125. Στην βασική κατηγορία των 250 κ.εκ., ο Jeremy McGrath πήρε τρία διαδοχικά πρωταθλήματα (1998-2000) με YZ250M.

Ανάμεσα σε όλες τις αγωνιστικές της δραστηριότητες τη δεκαετία του 1990, η Yamaha διακρίθηκε περισσότερο στο ράλι Παρί-Ντακάρ. Παρόλο που η εκκίνηση, το σημείο τερματισμού και οι διαδρομές άλλαξαν τη δεκαετία του 1990 και, ως εκ τούτου, το όνομά της, η θεμελιώδης φύση αυτής της εκδήλωσης – μια εκτεταμένη περιπέτεια αντοχής στην Αφρική – παρέμεινε αναλλοίωτη. Αυτό ίσχυε και για τους παράγοντες που έδιναν τη νίκη: 1) αναβάτης με κορυφαία τεχνική οδήγησης, μεγάλη αποφασιστικότητα και νηφάλια κρίση, 2) πολύ έμπειρη υποστήριξη, με γνώσεις και τις τεχνικές δεξιότητες για την αντιμετώπιση τυχόν προβλημάτων ή ατυχημάτων που μπορεί να προκύψουν, και 3) μηχανής εκτός δρόμου υψηλών επιδόσεων, ευέλικτης, γρήγορης και ανθεκτικής. Για τη Yamaha, ήταν πρωτίστως το τελευταίο χαρακτηριστικό που έλειπε από τη χρυσή τομή αυτών των τριών στοιχείων.

O Stéphane Peterhansel κοιτάζοντας την YZE850T (0WD8), την πιο πρόσφατη εργοστασιακή μοτοσυκλέτα της Yamaha, το 1993. Η Yamaha, εκείνη τη χρονιά, κατέκτησε και τις 3 θέσεις στο βάθρο. 

Παρίσι-Ντακάρ 1995 – ο Stéphane Peterhansel κέρδισε στη τέταρτη συμμετοχή του στο Ντακάρ, πάνω στη 2κύλινδρη TDM850 - βασισμένη στην XTZ850R

Εν τέλει, το 1991 τα κατάφερε. Η Yamaha ετοίμασε οκτώ μηχανές YZE750T (0WC5) με βελτιωμένες επιδόσεις στις χαμηλές και μεσαίες στροφές, καθώς και συμβατότητα με βενζίνες χαμηλότερης ποιότητας. Οι Stéphane Peterhansel, Gilles Lalay και Thierry Magnaldi κατέλαβαν και τις τρεις θέσεις του βάθρου, προσφέροντας στη Yamaha την τρίτη νίκη της στο Ντακάρ και την πρώτη της μέσα σε 10 χρόνια. Ο Peterhansel συνέχισε τις νίκες και κέρδισε τρεις συνεχείς φορές με μια YZE750T (0WD8), με τον κυβισμό του κινητήρα να έχει αυξηθεί στα 850 κ.εκ.

Το 1994, η Yamaha δεν είχε άλλη επιλογή από το να αποσυρθεί λόγω αλλαγών των κανονισμών. Όμως το 1995 η εταιρεία επέστρεψε με το μοντέλο XTZ850R το οποίο κάλυπτε τον κανονισμό συμμετοχής που προέβλεπε "να μην πωλούνται λιγότερα από 15 κομμάτια για το κοινό". Ο Stéphane Peterhansel έφτασε αμέσως στις νίκες. Ο Edi Orioli κυριάρχησε στο Ντακάρ του 1996 με μια ανανεωμένη XTZ850TR και στις 1997 και 1998, ο Peterhansel αναδείχθηκε νικητής για άλλη μια φορά, καταγράφοντας ρεκόρ έξι νικών καριέρας. Η Yamaha συγκέντρωσε συνολικά εννέα νίκες στο Ντακάρ και έβαλε τέλος στην 20-ετή αγωνιστική ιστορία της από το πρώτο ράλι Παρίσι-Ντακάρ.

Οι δραστηριότητες της Yamaha στις μοτοσυκλέτες trial, οι οποίες ξεκίνησαν στις αρχές της δεκαετίας του 1970 με τον Mick Andrews, επικεντρώθηκαν κυρίως στην Ιαπωνία στις δεκαετίες του 1980 και του 1990. Ο Atsushi Ito και η Yamaha κέρδισαν το Πρωτάθλημα All-Japan Trial το 1987, το 1988 και το 1990 με την TY250R εφοδιασμένη με ανάρτηση monocross. Το 1991, ο Yoshihiro Nakagawa κέρδισε τον τίτλο, με τον Pascal Couturier να κατακτά το πρωτάθλημα 1993 με μια TY250Z παραγωγής. Εκείνη περίπου την εποχή, η ιαπωνική οικονομία εισήλθε σε μια παρατεταμένη οικονομική ύφεση, η οποία είχε σημαντικές επιπτώσεις στον κλάδο της μοτοσυκλέτας.  Για μία ακόμη φορά, η Yamaha μείωσε την κλίμακα των αγωνιστικών δραστηριοτήτων της και η συμμετοχή της στα trial αναπόφευκτα ανεστάλη κατά το δεύτερο μισό της δεκαετίας του 1990.

Βασιλιάδες της Αφρικανικής Ερήμου – ο Stéphane Peterhansel καταγράφεται στην ιστορία πετυχαίνοντας την 6η νίκη του στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ, ξεπερνώντας τον Cyril Neveu (με πέντε νίκες)