MotoGP, 2000, στα 250 κ.εκ. Η μάχη για τη νίκη μεταξύ των Shinya Nakano και Olivier Jacques έχει ήδη πυροδοτηθεί. Οι δύο τους έχουν κατακτήσει το βάθρο συνολικά 10 φορές ανάμεσα στις οποίες οι 4 ήταν νίκες 1-2.

Η κατηγορία των 250 κ.εκ. ήταν μια επική μάχη μεταξύ των συναθλητών Olivier Jacque και Shinya Nakano, οδηγοί και οι δύο του εργοστασιακού μοντέλου YZR250 (OWL5). Τη μάχη κέρδισε τελικά ο Jacque, με τον Nakano μόλις επτά πόντους πίσω, προσφέροντας στην Yamaha τους τίτλους τόσο των αναβατών όσο και των κατασκευαστών. Ωστόσο, εκείνη τη χρονιά η Yamaha αποφάσισε να μειώσει τη συμμετοχή εργοστασιακών μοντέλων. Η YZR250 πήρε μέρος στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Grand Prix για τελευταία φορά το 2002 με τους Sebastián Porto και Shahrol Yuzy.

Παρά το γεγονός ότι συμμετείχε στη σεζόν του 2001 για τα 500 κ.εκ. με οκτώ αναβάτες, συμπεριλαμβανομένου του Max Biaggi που ανέβηκε στο βάθρο εννιά φορές εκείνο το χρόνο, η Yamaha δεν μπόρεσε να κερδίσει τον τίτλο. Το 2002 έκαναν το πολυαναμενόμενο ντεμπούτο τους τα νέα τετράχρονα μοντέλα των διαφόρων κατασκευαστών. Αυτή ήταν επίσης η τελευταία σεζόν στην οποία μπόρεσαν να αναμετρηθούν στους αγώνες δίχρονες αγωνιστικές μηχανές 500 κ.εκ. Εκείνη τη χρονιά, το πρωτάθλημα έγινε επίσημα γνωστό ως MotoGP.

Με κίνδυνο να χάσει την αξιοπρέπειά της ως κατασκευάστρια μοτοσυκλετών, η Yamaha παρουσίασε μια ολοκαίνουργια YZR-M1 (0WP3) για το 2004, εξοπλίζοντάς την με νέου τύπου κινητήρα με crossplane στροφαλοφόρο και άνισους χρόνους ανάφλεξης. Ο ήχος της εξάτμισης ήταν τελείως διαφορετικός, σαν ένας βαθύς, δυνατός βρυχηθμός. Το πλαίσιο επίσης αναθεωρήθηκε εκ βάθρων: από την ακαμψία, την ισορροπία και την κατανομή βάρους έως τη γεωμετρία του, αυξάνοντας σημαντικά την ανταγωνιστικότητα της μοτοσυκλέτας. Μαζί με την ολοκαίνουργια εργοστασιακή μηχανή, η Yamaha είχε πλέον κι άλλον έναν άσο στο μανίκι της: τον 25χρονο παγκόσμιο πρωταθλητή Valentino Rossi. Ο Rossi δεν ήταν μόνο ένας τρομερά γρήγορος οδηγός, είχε επίσης και μεγάλο ταλέντο στην ανάπτυξη νέων μοτοσυκλετών, χαρακτηριστικά που του χάρισαν το παρατσούκλι "ο δόκτορας". Ο Rossi επαλήθευσε τη φήμη του αξιοποιώντας στο έπακρο τις δυνατότητες της YZR-M1. Από την αρχή έως το τέλος της σεζόν κέρδιζε συνεχώς αγώνες τον ένα μετά τον άλλο (εννέα νίκες σε 16 γύρους), κατακτώντας τον τίτλο του πρωταθλητή για τέταρτη συνεχή χρονιά. Για την Yamaha ήταν ο πρώτος της τίτλος αναβατών στην κορυφαία κατηγορία μετά από 12 χρόνια.

Ο νέος πρωταθλητής της Yamaha. Ο Valentino Rossi δεν ήταν απλά ένας κατακτητής τίτλων. Έπαιξε μεγάλο ρόλο στην ανάπτυξη της θρυλικής YZR-M1.

Αγώνας Laguna Seca 2005 MotGP. Ο Valentine Rossi και Colin Edwards αγωνίζονται με την YZR-M1 (0WP4), σε ειδική τελετή για την 50η Επέτειο της Yamaha.

Το 2005 αποδείχτηκε ακόμα πιο καρποφόρο χάρη στον Rossi, καθώς η Yamaha κέρδισε το "τριπλό στέμμα" του MotoGP (αναβάτες, ομάδες και κατασκευαστές). Την επόμενη χρονιά ο Rossi και η Yamaha επλήγησαν από ατυχήματα και προβλήματα με τις μοτοσυκλέτες, με αποτέλεσμα ο "δόκτορας" να τερματίσει δεύτερος. Το 2007, όταν οι κανονισμοί περιόρισαν τις μοτοσυκλέτες του MotoGP στα 800 κ.εκ., ο Rossi τερμάτισε τρίτος. Το 2008 ωστόσο ο Rossi κατέκτησε ξανά τον τίτλο, όπως και το 2009, βοηθώντας την Yamaha να κερδίσει το "τριπλό στέμμα" για δύο διαδοχικές σεζόν. Αλλά όπως συμβαίνει με όλες τις δυνατές και παραγωγικές σχέσεις, ο Rossi και η Yamaha έληξαν τη συνεργασία τους στο τέλος της δεκαετίας του 2000.

Στο παγκόσμιο πρωτάθλημα Superbike συμμετέχουν μοντέλα που βασίζονται σε τετράχρονες μοτοσυκλέτες παραγωγής. Οι κανονισμοί όσον αφορά τις τροποποιήσεις είναι πολύ πιο αυστηροί, με αποτέλεσμα να μειώνεται το κόστος αλλά και οι διαφορές επιδόσεων μεταξύ των κατασκευαστών. Αυτό διευκολύνει τη συμμετοχή ιδιωτικών ομάδων και οι αγώνες μετατρέπονται σε ανηλεείς μάχες.

“Ο Γιατρός” δίνοντας πληροφορίες. Η ακριβής ανατροφοδότηση που παρείχε, βοήθησε στην καθοδήγηση για τον σχεδιασμό της μοτοσυκλέτας τα επόμενα χρόνια.

Rossi: “Το 2008 YZR-M1 (0WS5) ήταν ένα από τα αγαπημένα μου”. Εκείνη τη σεζόν κατέκτησε εννέα νίκες και χάρισε στη Yamaha το δεύτερο Triple Crown.

Ο Noriyuki Haga ξεκίνησε το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Superbike του 2000 με την YZF-R7 σε καλή φόρμα από την αρχή, κερδίζοντας την πρώτη και τη δεύτερη αναμέτρηση. Δυστυχώς, κρίθηκε ότι ο Haga παραβίασε έναν από τους κανονισμούς της διοργάνωσης. Ως αποτέλεσμα, του αφαιρέθηκαν πόντοι και απαγορεύτηκε η συμμετοχή του σε έναν από τους αγώνες. Έτσι, παρότι κέρδισε τέσσερεις αγώνες και ανέβηκε στο βάθρο 11 φορές εκείνη τη σεζόν, ο Haga έχασε τον τίτλο και τερμάτισε δεύτερος.

Ο Haga έγινε γνωστός ως ο σταρ του παγκόσμιου Superbike χάρη στο πολύ επιθετικό στυλ οδήγησης. Αν και ήταν το φαβορί για την κατάκτηση του πρωταθλήματος το 2001, η Yamaha αποφάσισε να αποσύρει την υποστήριξη εργοστασιακών μοντέλων από τη διοργάνωση και να επικεντρωθεί στην ανάπτυξη μοτοσυκλετών και στις οργανωτικές βελτιώσεις για το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Grand Prix, το οποίο ήταν σε φάση μετάβασης από δίχρονες σε τετράχρονες μοτοσυκλέτες. Έτσι ξεκίνησε η καριέρα του Haga ως αναβάτη στο GP.   

Ο Noriyuki Haga είχε μία αποκαλυπτική σεζόν το 2000, μαχόμενος για το Παγκόσμιο Τίτλο στο Πρωτάθλημα SuperBike

 Ο Sébastian Gimbert (εικόνα), ο David Checa και ο William Costes με την Ομάδα Yamaha GMT94, κέρδισαν τον Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Αντοχής το 2004

Το 2005 η Yamaha επέστρεψε στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Superbike, καθώς οι κανονισμοί είχαν αλλάξει από το 2003 και επέτρεπαν τη συμμετοχή τετρακύλινδρων μοτοσυκλετών 1.000 κ.εκ. Το βασικό μοντέλο της Yamaha άλλαξε από YZF-R7 σε YZF-R1. Η Yamaha Motor Italy και η Yamaha Motor France παρουσίασαν δύο ομάδες που απαρτίζονταν από τους Haga, Andrew Pitt, Norifumi Abe και Sébastian Gimbert. Ο Haga πέτυχε τα καλύτερα αποτελέσματα ανεβαίνοντας στο βάθρο οκτώ φορές και τερματίζοντας συνολικά στην τρίτη θέση εκείνη τη σεζόν. Συμμετέχοντας στην ομάδα της Yamaha έως το 2008, ο Haga δεν έπεσε ποτέ κάτω από την τρίτη θέση στις βαθμολογίες των αναβατών. Αυτός και ο συναθλητής του Troy Corser χάρισαν στην Yamaha τον πρώτο της τίτλο κατασκευαστών στο Superbike του 2007.

Το 2009 ήταν ο Αμερικανός Ben Spies που κέρδισε 14 αγώνες με την πρώτη συμμετοχή του στη διοργάνωση, κατακτώντας για πρώτη φορά τον Τίτλο του Παγκόσμιου Πρωταθλητή Superbike για την Yamaha. Την επόμενη χρονιά πήρε "μετάθεση" στο MotoGP. Στο παγκόσμιο πρωτάθλημα αντοχής, τα μοντέλα YZF-R7 και YZF-R1 με προδιαγραφές Superbike τα πήγαν επίσης πολύ καλά. Η ομάδα της Yamaha Motor France κέρδισε τον 24ωρο αγώνα Bol d’Or με την R7 το 2000. Το 2004, η ομάδα GMT24 της Yamaha πέτυχε σταθερά καλή βαθμολογία στους έξι αγώνες της διοργάνωσης με την YZF-R1, χαρίζοντας στην Yamaha τον πρώτο της τίτλο στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Αντοχής. Η ομάδα GMT24 της Yamaha κέρδισε ξανά τον 24ωρο αγώνα Bol d'Or το 2007. Η αγωνιστική ομάδα της Yamaha Austria κέρδισε τον εναρκτήριο 24ωρο αγώνα του Le Mans με την YZF-R1 νέου σχεδιασμού με στροφαλοφόρο crossplane. Ακολούθησαν άλλες τρεις νίκες στους έξι γύρους της διοργάνωσης και η ομάδα κατέκτησε τον τίτλο στο παγκόσμιο πρωτάθλημα αντοχής το 2009.

Το 1999 είχε ξεκινήσει στο μεταξύ το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Supersport, με συμμετοχές σπορ μοτοσυκλετών παραγωγής 600 κ.εκ. Οι ομάδες, με επικεφαλής τις ευρωπαϊκές εταιρείες και τους εισαγωγείς Yamaha, ήρθαν να ταράξουν τα νερά με την Yamaha YZF-R6, κατακτώντας τον πρώτο τίτλο κατασκευαστών της διοργάνωσης. Την επόμενη χρονιά, ο Jörg Teuchert εξασφάλισε στην Yamaha το τρόπαιο τόσο για τους αναβάτες όσο και για τους κατασκευαστές. Το 2001, παρότι ο καλύτερος στη βαθμολογία Paolo Casoli έχασε τον πρωτιά στον τελικό γύρο, οι αναβάτες των R6 της Yamaha κατέκτησαν τη δεύτερη, τρίτη και τέταρτη θέση, χαρίζοντας στην Yamaha τον τίτλο των κατασκευαστών για τρίτη συνεχή χρονιά.

Από το 2005 και μετά η R6 παρέμεινε δυνατή στο WorldSSP με τους Kevin Curtain και Broc Parkes, που κατέκτησαν εναλλάξ τη δεύτερη θέση του πρωταθλήματος επί τρία συνεχόμενα έτη. Ο Cal Crutchlow σημάδεψε το τέλος της δεκαετίας με πέντε νίκες, ανεβαίνοντας στο βάθρο 10 φορές και κατακτώντας 10 πλεονεκτικές θέσεις εκκίνησης.

Το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Superbike και Supersport και το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Αντοχής, που αντιπροσώπευαν τις κορυφαίες διοργανώσεις στους αγώνες με μοτοσυκλέτες βασισμένες στα μοντέλα παραγωγής, διατήρησαν τη διαφορετικότητά τους από το MotoGP, καθώς η δημοτικότητά τους αυξανόταν παγκοσμίως. Παράλληλα, επικεντρώθηκαν στην καλλιέργεια και προώθηση των δικών τους μοναδικών αξιών.

Ο Jörg Teuchert το 2000, έγινε ο Παγκόσμιος Πρωταθλητής Supersport. Το 2001 κέρδισε τη τρίτη θέση, εξασφαλίζοντας για τη Yamaha τον τίτλο του Καλύτερου Κατασκευαστή.

Στον 2ο Αγώνα Yamaha Asean Cup το 2004, επιλέχθηκαν για να συμμετάσχουν 50 αναβάτες από την Ινδονησία, την Μαλαισία, τις Φιλιππίνες, την Σινγκαπούρη και τηνΤαυλάνδη

Όταν η Yamaha άρχισε να επεκτείνεται σε άλλες χώρες τη δεκαετία του 1960, αναγνώρισε την Ινδονησία, τη Μαλαισία και άλλες ασιατικές χώρες ως σημαντικές εν δυνάμει αγορές και έστειλε Ιάπωνες οδηγούς να συμμετάσχουν στους τοπικούς αγώνες. Η Yamaha συνεχίζει την προώθηση του μηχανοκίνητου αθλητισμού σε αυτές τις χώρες, προσφέροντας σεμινάρια, μαθήματα οδήγησης γονέων-παιδιών και άλλες παρόμοιες εκδηλώσεις. Με την ίδρυση του ασιατικού κυπέλλου ταχύτητας της Yamaha το 2003, που αποτελεί φυτώριο για νεαρούς αναβάτες καθώς ανελίσσονται από αγώνες underbone σε διεθνείς διοργανώσεις και μέχρι το MotoGP, η Yamaha σημείωσε σταθερή πρόοδο στην υποστήριξη αυτού του μεγάλου ονείρου σε ολόκληρη την ήπειρο.

Στους εκτός δρόμου αγώνες, ο Andrea Bartolini με την εργοστασιακή αγωνιστική YZ426F χάρισε στην Yamaha τον τέταρτό της τίτλο αναβατών και τον πρώτο τίτλο από το 1983. Την επόμενη χρονιά, ο ίδιος και ο συναθλητής του Marnicq Bervoets οδήγησαν τη βελτιωμένη εργοστασιακή YZ426FM, στοχεύοντας στη διασφάλιση ενός ακόμα τίτλου. Το σταθερό στυλ οδήγησης του Bervoets τον κατέταξε στη δεύτερη θέση, ενώ ο Bartolini, που ξεκίνησε αργά και δεν μπόρεσε να αναπληρώσει το χρόνο, τερμάτισε τέταρτος. 

Για τη σεζόν του 2001 η Yamaha παρουσίασε την YZ500FM, που διατήρησε την ελαφριά και συμπαγή σχεδίαση του προηγούμενου μοντέλου motocross, αλλά διέθετε περισσότερη δύναμη χάρη στον αυξημένο κυβισμό. Αυτό αξιοποιήθηκε δεόντως από τον Bervoets και το συναθλητή του Stefan Everts εκείνη τη σεζόν, με τον Everts να δεσπόζει στην πίστα και να κατακτά τον πρώτο του τίτλο παγκόσμιου πρωταθλητή στα 500 κ.εκ.

Ο Bervoets αγωνίστηκε γενναία δίπλα στον Everts σε όλη τη διάρκεια της σεζόν, διατηρώντας υψηλή θέση στις βαθμολογίες, τερματίζοντας στην τρίτη θέση και χαρίζοντας στην Yamaha τον τίτλο των κατασκευαστών. Ο Everts κατέκτησε για μία ακόμα φορά τον τίτλο των αναβατών το 2002. Το 2003, οι κατηγορίες του παγκόσμιου πρωταθλήματος motocross αναδιοργανώθηκαν και γεννήθηκε μια νέα κορυφαία κατηγορία, η MXGP (που μετονομάστηκε σε MX1 το 2004).

Η κατηγορία MXGP επέτρεπε την ταυτόχρονη συμμετοχή δίχρονων 250 κ.εκ. και τετράχρονων 450 κ.εκ. στον ίδιο αγώνα. Η κατηγορία των 125 κ.εκ. (MX2 από το 2004) επέτρεπε σε τετράχρονες μοτοσυκλέτες 250 κ.εκ. να αγωνιστούν ενάντια σε δίχρονες 125 κ.εκ., ενώ η νέα κατηγορία 650 κ.εκ. (MX3 από το 2004) επέτρεπε τη συμμετοχή τετράχρονων 650 κ.εκ. μαζί με δίχρονες 500 κ.εκ. στον ίδιο αγώνα. Παρά τις αλλαγές, ο Everts και η Yamaha διατήρησαν την πρωτιά, η οποία βασίστηκε σε αποφασιστικότητα και ομαδικό πνεύμα.

Οδηγώντας την YZ450FM, σχεδιασμένη για να συμμορφώνεται με τους κανονισμούς του MXGP, ο Everts κέρδισε και τους εννιά αγώνες, κατακτώντας το δικό του τίτλο και τον τρίτο τίτλο αναβατών της Yamaha μετά από τον τέταρτο γύρο, καθώς και τον τίτλο των κατασκευαστών στην κορυφαία κατηγορία. Χωρίς καμία διάθεση να σταματήσει, συμμετείχε ξανά και κέρδισε τους επόμενους τίτλους το 2004, 2005 και 2006. Ο Βέλγος αθλητής αποσύρθηκε από τους αγώνες μετά τη σεζόν του 2006, έχοντας στην κατοχή του τον αριθμό-ρεκόρ 10 παγκόσμιων τίτλων και 101 Grand Prix.

Μετά από μια αποτυχημένη σεζόν το 2007, η Yamaha θα διεκδικήσει ξανά το στέμμα το 2008 χάρη στον David Philippaerts. Μέσα στην πρώτη δεκαετία του 21ου αιώνα, η Yamaha κέρδισε συνολικά οκτώ τίτλους αναβατών και έξι πρωταθλήματα κατασκευαστών στην κορυφαία κατηγορία motocross.

Ο Stefan Everts κατακτώντας τον δεύτερο διαδοχικό τίτλο το 2002. Γιορτάζοντας με την ομάδα και τον μάνατζέρ του Michele Rinaldi (στα αριστερά).

Ο Chad Reed πάνω στη δίχρονη YZ250 κατά τη διάρκεια του Ανατολικού AMA Supercross στα 125 κ.εκ. το 2003. Τερμάτισε δεύτερος στην κατάταξη στα 250 κ.εκ. πριν πάρει τον τίτλο το 2004.

Την εποχή που ο Bartolini αγωνιζόταν με επιτυχία, η Yamaha ξεκίνησε να αναπτύσσει αυτό που θα γινόταν το πρώτο τετράχρονο motocross μοντέλο 250 κ.εκ. στον κόσμο, την YZ250F. Ο Ernesto Fonseca οδήγησε μια πρωτότυπη έκδοση αυτού του μοντέλου το 2000 στον τελικό γύρο του πρωταθλήματος motocross της Ιαπωνίας, του ιαπωνικού GP, και έκανε το ντεμπούτο του με νίκη. Το μοντέλο κυκλοφόρησε στο εμπόριο το 2001 και ο Fonseca κατέκτησε με αυτό τον τίτλο AMA Supercross στα 125 κ.εκ. (Δύση), ενώ ο Hisashi Tajima κέρδισε με το ίδιο μοντέλο το πανιαπωνικό πρωτάθλημα motocross στα 125 κ.εκ. 

Το 2002, ο Chad Reed κατέκτησε τον τίτλο του AMA Supercross στα 125 κ.εκ. της Ανατολής, ενώ στο MX2 ήταν ο Antonio Cairoli που στέφθηκε πρωταθλητής το 2005 και το 2007 με την YZ250F. Ωστόσο, στο πρωτάθλημα AMA Supercross των 250 κ.εκ., τα δίχρονα μοντέλα με τον ελαφρύ σχεδιασμό και την εκρηκτική τους δύναμη ήταν πιο ανταγωνιστικά και τα τετράχρονα δεν μπόρεσαν να τα βγάλουν πέρα. Οι τρεις συνεχείς τίτλοι του Jeremy McGrath (1998-2000) και η νίκη του Chad Reed στο πρωτάθλημα του 2004 κερδήθηκαν με τη δίχρονη YZ250. Ωστόσο, όταν το 2006 παρουσιάστηκε η νέα YZ450F με αλουμινένιο πλαίσιο, όλες σχεδόν οι ομάδες του Supercross, συμπεριλαμβανομένης της Yamaha, πραγματοποίησαν μετάβαση σε τετράχρονα μοντέλα. Ο Reed κέρδισε έναν ακόμα τίτλο για την Yamaha το 2008 και ο James Stewart έφερε τη νίκη την επόμενη χρονιά.

Στην κατηγορία MX2 του Παγκοσμίου Πρωταθλήματος Motocross το 2005, πληθώρα αναβατών διαγωνίστηκαν με την YZ250F. Ο Antonio Cairoli έφτασε στην κορυφή κερδίζοντας 13 μοτοσυκλέτες και κατέκτησε τον τίτλο του καλύτερου Αναβάτη, χαρίζοντας στη Yamaha τον τίτλο του καλύτερου Κατασκευαστή.

Ο David Frétigné πάνω στην WR450F 2-TRAC το 2004 στο ράλι Παρίσι-Ντακάρ.Υπήρξε νικητής της κατηγορίας Super Production στα 450 κ.εκ. ενώ στη γενική κατάταξη τερμάτισε έβδομος.

Εκτός του Παγκόσμιου Πρωταθλήματος motocross, η Yamaha Motor France επέστρεψε για να αγωνιστεί στην 26η έκδοση του ράλι του Ντακάρ, με τον David Frétigné και το μοντέλο WR450F 2-Trac που χρησιμοποιούσε υδραυλικό σύστημα κίνησης δύο τροχών. Ο Frétigné ολοκλήρωσε τον αγώνα με επιτυχία, κερδίζοντας τη νίκη στην κατηγορία Super Production 400 κ.εκ. και τερματίζοντας έβδομος συνολικά στην κατηγορία των μοτοσυκλετών. Το 2005 τερμάτισε πέμπτος στη γενική βαθμολογία και κέρδισε ξανά τη νίκη στην κατηγορία Super Production 400 κ.εκ. Το 2009 που το 31ο Ντακάρ μεταφέρθηκε στη Νότια Αμερική, ο Frétigné οδήγησε την WR450F, τερματίζοντας τρίτοςστη γενική βαθμολογία. Οι περιπέτειες της Yamaha στα ράλι της ερήμου θα συνεχίζονταν και την επόμενη δεκαετία.