Vitória de Tadahiko Taira e Eddie Lawson nas 8 Horas de Suzuka em 1990

Se durante a década de 1980 “King Kenny” Roberts e Eddie Lawson venceram os títulos de 500 cc do Grand Prix World Championship para a Yamaha, foi Wayne Rainey quem dominou no início da década de 1990.

Em 1990, Rainey esteve envolvido numa intensa batalha com o piloto da Suzuki Kevin Schwantz, mas acabaria por conquistar o título de pilotos. Graças aos seus pilotos colegas da Yamaha, Juan Garriga, Jean-Philippe Ruggia, Christian Sarron e Eddie Lawson, que terminaram no top 10, a Yamaha também venceu o campeonato de construtores. 

Batalha feroz no GP do Japão em 1990 entre #1 Eddie Lawson, Mick Doohan (Honda), Kevin Schwantz (Suzuki) e Wayne Gardner (Honda)ao tentarem chegar a Wayne Rainey

Wayne Rainey vence o GP da Austrália e dos EUA em 1991, estabelecendo as bases para o seu 2º título consecutivo no Campeonato

Como resultado, a Yamaha ganhou confiança na sua nova geração de pilotos, centrada em Wayne Rainey, e empenhou-se a descobrir novos talentos. Ao mesmo tempo, foram feitos grandes avanços com a máquina de fábrica YZR500.

A Yamaha introduziu um registador de dados na moto de fábrica YZR500 (OWA8) em 1989, seguida pela OWC1 em 1990 com dimensões revistas e uma maior potência do motor, a OWD3 em 1991, que incluía uma suspensão eletrónica computadorizada (CES). Todas estas alterações contribuíram para os títulos consecutivos de Rainey. Mas os rivais da Yamaha não ficaram a assistir.

Havia cinco pilotos sistematicamente na frente do pelotão, Wayne Rainey (Yamaha), Kevin Schwantz (Suzuki), Mick Doohan (Honda), Wayne Gardner e Eddie Lawson (Cagiva), em potentes máquinas de fábrica, e que competiram permanentemente pelo topo da classificação nesse ano, o que resultou em corridas emocionantes que entusiasmaram fãs em todo o mundo. 

Com o fosso cada vez maior entre as equipas de fábrica (com as mais recentes máquinas de alta performance e os melhores pilotos) e os privados (com dificuldades em assegurar modelos de produção ou com máquinas GP antigas), a Yamaha começou a vender o motor OWC1 e a alugar motos totalmente novas a algumas equipas em 1992. Isto permitiu que houvesse 23 motos com motores Yamaha na grelha de partida, incluindo a OWE0 com as especificações mais recentes, YZR500s mais antigas e máquinas construídas por privados e equipadas com motores YZR500. Apesar de a Yamaha não ter conquistado o título de construtores desse ano, Wayne Rainey conquistou o título de pilotos pela terceira vez consecutiva.

Em 1993, a batalha entre os principais pilotos, Rainey, Schwantz, Doohan, Luca Cadalora (colega de equipa de Rainey) e Daryl Beattie, foi uma vez mais feroz. Rainey liderou o campeonato até à 11.ª prova, reforçando as expectativas de um quarto campeonato consecutivo. Infelizmente, a sua sorte mudou. Depois de assumir a liderança à terceira volta do GP das Nações, em Misano, perdeu o controlo ao sair da primeira curva na 10.ª volta e caiu violentamente. Sofreu lesões graves nas costas que acabaram com a sua carreira de competição. A Yamaha ainda conseguiu vencer o título de construtores desse ano graças aos pontos acumulados por Rainey, que o deixaram no segundo lugar no final do campeonato, Cadalora em quarto e com ajuda dos outros pilotos da Yamaha.

Conduzindo uma YZR500 (OWF9) com uma eficiência de admissão mais elevada, graças ao sistema de pressurização da caixa de ar, Luca Cadalora classificou-se em segundo e terceiro em 1994 e 1995, respetivamente. 

Luca Cadalora andou quatro vezes em YZR250 (1987-1990) e depois em YZR500 (1992-1995, 1997-1998)

Norifumi “Norick” Abe ficou extremamente feliz quando venceu o GP do Japão em 1996.

A partir de 1996 e nos anos seguintes, nomes como Norifumi “Norick” Abe e Massimiliano “Max” Biaggi ocuparam sistematicamente posições cimeiras no campeonato nas YZR500s evoluídas, equipadas com pistões de pulverometalurgia, ângulo do V-bank reformulado e posição do veio secundário reformulados, entre outras inovações. No entanto, isto não evitou que a concorrência conquistasse os títulos do campeonato. Seriam necessárias seis e 11 temporadas antes de a Yamaha conquistar novamente o título de construtores e de pilotos, respetivamente, na classe de 500 cc do Grand Prix World Championship.

A conduzir uma YZR250 (OWB9), com um motor bicilíndrico em V a 90° com uma única cambota e equilibragem de acoplamento forçado, John Kocinski irrompeu na classe de 250 cc do Grand Prix World Championship pela primeira vez em 1990 e conquistou o campeonato na última prova, depois de uma batalha direta com o piloto da Honda Carlos Cardús.

Alguns anos mais tarde, em 1993, o piloto japonês Tetsuya Harada, que venceu o Japan Road Race Championship no ano anterior, tornou-se um concorrente sério a vencer o campeonato contra os principais pilotos, montado na sua TZ250M (0WF3), como é o caso de Kocinski (que recentemente se tinha mudado para a Suzuki), Biaggi, Capirossi, Reggiani (Honda) e Ruggia (Aprilla), ao vencer corridas no início da temporada, assegurando importantes posições nos pontos. Finalmente, e minimizando o desgaste dos pneus na primeira metade da corrida final em Jarama, Espanha, Harada impôs o seu ritmo na volta 20, ultrapassando um a um os pilotos mencionados para conseguir uma vitória sensacional, tornando-se o segundo Campeão do Mundo japonês. 

Apesar de muitas tentativas, e em resultado de vários reveses, Harada e a Yamaha não conseguira, repetir o título de 250 cc nos anos que se seguiram: 1994 (sétimo lugar), 1995 (segundo lugar, com a nova YZR250 apresentada na última corrida) e 1996 (oitavo lugar).

Após um hiato de dois anos na classe de 250 cc, a Yamaha regressou em 1999 com os pilotos de fábrica Shinya Nakano e Olivier Jacques. Nakano conseguiu conquistar o quarto lugar na geral nesse ano e Jacques conseguiu o sétimo lugar. No entanto, na viragem do milénio, estes dois pilotos seriam protagonistas de uma batalha dramática pelo campeonato. A TZ125 regressou na década de 1990.

À medida que os pilotos japoneses começavam a ganhar proeminência global na classe de 125 cc do Grand Prix World Championship, a Yamaha procurou expandir a sua base de corridas de estrada e recuperar o título ao retomar o desenvolvimento da TZ125. A vitória de Yoshiaki Kato na classe de 125 cc do All-Japan Road Race Championship, num protótipo da TZ125, precedeu o regresso da TZ125 ao Grand Prix World Championship em 1993. Acabou por ser Jorge Martinez a vencer e a dar à Yamaha a sua primeira vitória na classe de 125 cc em cerca de 20 anos.

Fora do Grand Prix World Championships Yasumoto Nagai, Christian Sarron e Dominique Sarron formaram uma equipa para a Bol d’Or 24 Hours Endurance Race de 1994 com a YZF750. Venceram a corrida com um recorde de 667 voltas.

Yasumoto Nagai no Bol d’Or 24 Horas em 1994 – ganha o título do campeonato com Christian e Dominique Sarron.

#41 Noriyuki Haga venceu o Campeonato de Superbike do Japão em 1997.

A Yamaha também esteve muito ativa no World Superbike Championship. Yasumoto Nagai ocupava uma boa posição no campeonato quando, tragicamente, teve um acidente fatal durante a prova nos Países Baixos em 1995. No final da temporada ainda ocupava a quinta posição. Colin Edwards conseguiu o quinto lugar em 1996, Scott Russell foi sexto em 1997 e Noriyuki Haga, que se juntou à equipa em 1998 e conquistou muitos fãs com o seu estilo agressivo mas despretensioso, conseguiu galgar a classificação até ao segundo lugar na sua terceira temporada. No final de 1990, a Yamaha apresentou a YZF-R7 a 4 tempos para substituir a 4YZF750, tirando partido dos dados e de uma valiosa experiência para desenvolver um motor a 4 tempos para utilizar na classe de 500 cc do Grand Prix World Championship.

Em 1997, a Yamaha voltou à classe de 500 cc com a máquina de fábrica YZM400F (0WH2) a 4 tempos, leve, compacta e de alta performance, desenvolvida recentemente. Nesse ano, o piloto Andrea Bartolini da Yamaha subiu ao pódio oito vezes, incluindo quatro vitórias, para conquistar o quinto lugar na classificação final, com Peter Johansson em sexto lugar. Em 1999, depois de ganhar a sétima Moto of the Season, Bartolini tornou-se o primeiro campeão da Yamaha na classe de 500 cc do Motocross World Champion dos últimos 16 anos. O seu colega de equipa, Puzar, bem como os pilotos da Yamaha Francisco Garcia Vico e Miska Aaltonen nas máquinas de produção YZ400F, contribuíram para o segundo título da Yamaha na classe de 500 cc desde 1978.

A YZM400F (0WH2) foi a primeira moto de motocross a 4 tempos Yamaha. A sua primeira vitória foi em 1997, quando Bartolini venceu a primeira etapa do primeiro Campeonato do mundo de motocross, 500 cc, em Itália.

Após uma infeliz temporada em 1997, Doug Henry venceu o título do AMA 250 cc em 1998, com uma 0WK4 baseada no modelo de produção YZ400F.

A potência aparentemente ilimitada da máquina Yamaha a 4 tempos também foi muito utilizada nos EUA. Doug Henry venceu a corrida final da temporada da classe de 250 cc do AMA Supercross de 1997 com a YZM400F (0WH2), tornando-se a primeira pessoa a vencer um evento AMA Supercross numa moto de motocross a 4 tempos.

Na mesma altura, foi relançada a potência da tradicional máquina a 2 tempos. A Yamaha não ganhava um título do AMA Supercross desde 1989, mas em 1996 e em 1997 Kevin Windham conquistou o título de 125 cc da região Oeste, seguido por John Dowd (região Oeste) em 1998, Ernesto Fonseca (região Este) em 1999 e Stephane Roncada (região Este) em 2000, todos a conduzir a YZ125. Na classe de 250 cc principal, Jeremy McGrath conquistou três campeonatos consecutivos (1998-2000) numa YZ250M.

Entre todas as suas atividades de corrida na década de 1990, a Yamaha destacou-se mais no rali Paris-Dakar. Apesar de o local de partida e de chegada, e os percursos, terem mudado na década de 1990 e, por isso, o seu nome, a natureza fundamental deste evento (um rali de aventura de longa distância alargado em África) permaneceu inalterada. Isto também se verificou para os fatores para vencer: 1) um piloto com uma técnica de condução superior, forte determinação e ponderação, 2) suporte muito experiente, com as competências e os conhecimentos técnicos para lidar com quaisquer problemas ou acidentes que possam acontecer, e 3) uma máquina todo-o-terreno de alta performance manobrável, rápida e resistente. Para a Yamaha, era este último fator que faltava no equilíbrio ideal destes três elementos.

Stéphane Peterhansel com a YZE850T (0WD8), a última máquina de fábrica da Yamaha’, em 1993. A Yamaha conquistou os 1º,2º e 3º lugares do pódio nesse ano.

Stéphane Peterhansel em 1998, venceu o seu sexto Dakar com a XTZ850TRX baseada na TDM850, 2 cilindros em linha.

Finalmente, em 1991 aconteceu. A Yamaha preparou oito máquinas YZE750T (0WC5) com reforço da performance nas velocidades baixas e intermédias, bem como compatibilidade com gasolinas de qualidade inferior. Stéphane Peterhansel, Gilles Lalay e Thierry Magnaldi ocuparam os três lugares do pódio, dando à Yamaha a sua terceira vitória no Dakar e a primeira em 10 anos. Peterhansel conseguiu três vitórias consecutivas numa YZE750T (0WD8), com a cilindrada a aumentar para 850 cc.

Em 1994, a Yamaha não teve outra alternativa senão abandonar a competição em virtude das mudanças nos regulamentos. Mas, em 1995, a empresa regressou com o modelo XTZ850R que cumpria os regulamentos de participação que especificavam que "não podem ter sido vendidas menos de 15 máquinas no mercado". Stéphane Peterhansel conquistou logo o título. Edi Orioli dominou o Dakar de 1996 com uma XTZ850TR atualizada em 1997, e em 1998 Peterhansel voltou a vencer naquela que foi a sexta vitória da sua carreira, um recorde. A Yamaha conquistou um total de novo vitórias no Dakar e concluiu a sua história de 20 anos na competição desde o primeiro Rali Paris-Dakar.

As atividades de trial da Yamaha, que começaram no início da década de 1970 com Mick Andrews, concentraram-se sobretudo no Japão nas décadas de 1980 e 1990. Atsushi Ito e a Yamaha venceram o All-Japan Trial Championship em 1987, 1988 e 1990 com a TY250R equipada com suspensão monocross. Em 1991, foi Yoshihiro Nakagawa a conquistar o título, com Pascal Couturier a vencer em 1993 num modelo de produção da TY250Z. Por esta altura, a economia japonesa entrou numa longa recessão económica, que teve um impacto considerável na indústria dos motociclos.  Uma vez mais, a Yamaha reduziu a dimensão das suas atividades de competição e o seu envolvimento em trials foi, inevitavelmente, suspenso na segunda metade da década de 1990.

Os Reis do Deserto Africano – Stéphane Peterhansel conquista uma histórica sexta vitória no Rally Paris-Dakar, superando Cyril Neveu (cinco vitórias).