Victory for Tadahiko Taida and Eddie Lawson at the Suzuka 8 Hourse in 1990.

În timp ce în anii '80, „Regele Kenny” Roberts și Eddie Lawson au fost câștigătorii titlurilor la Campionatul Mondial de Grand Prix în clasa de 500 cmc pentru Yamaha, Wayne Rainey a fost cel care a preluat ștafeta la începutul anilor '90.

În 1990, Rainey a fost implicat într-o luptă intensă cu pilotul Suzuki, Kevin Schwantz, dar și-a adjudecat în cele din urmă titlul piloților. Datorită colegilor săi Yamaha, Juan Garriga, Jean-Philippe Ruggia, Christian Sarron și Eddie Lawson, care au terminat toți în top 10, Yamaha a câștigat și campionatul constructorilor. 

Fierce battle at the 1990 Japanese GP between #1 Eddie Lawson, Mick Doohan (Honda), Kevin Schwantz (Suzuki) and Wayne Gardner (Honda) in pursuit of Wayne Rainey.

Wayne Rainey wins Australian and US GP in 1991, setting the foundation for his 2nd consecutive championships title.

Drept rezultat, Yamaha a căpătat încredere în noua sa generație de piloți, centrată în jurul lui Wayne Rainey și a depus mai multă energie în descoperirea de noi talente.

În același timp, s-au realizat progrese majore la motocicleta de serie YZR500. Yamaha a introdus un înregistrator de date pe motocicleta de serie YZR500 (OWA8) în 1989, urmată de OWC1 în 1990 cu dimensiuni revizuite și o putere mai mare a motorului, apoi de OWD3 în 1991, care prezenta o suspensie electronică computerizată (CES). Toate aceste modificări au contribuit la titlurile consecutive ale lui Rainey. Desigur, rivalii Yamaha nu au rămas sub nicio formă în urmă. Cinci piloți de top s-au aflat mereu în față – Wayne Rainey (Yamaha), Kevin Schwantz (Suzuki), Mick Doohan (Honda), Wayne Gardner și Eddie Lawson (Cagiva) – pe motociclete de serie puternice și au concurat în mod regulat pentru primele titluri din acel an, rezultând curse palpitante care au încântat fani din toată lumea.  

Pe măsură ce a crescut constant decalajul dintre echipele de fabrică – având cele mai recente motociclete de serie de înaltă performanță și cei mai buni piloți – și piloții de curse privați – care au întâmpinat dificultăți în achiziționarea de motociclete de curse de serie sau motociclete GP mai vechi – Yamaha a început să vândă motorul de la OWC1 și a închiriat motociclete complet noi pentru câteva echipe din 1992. Acest lucru a dus la 23 de motociclete Yamaha pe grila de start, inclusiv modelul OWE0 cu cele mai recente specificații, modele YZR500 mai vechi și motociclete construite de particulari, echipate cu motoare YZR500. Deși Yamaha nu a câștigat titlul constructorilor în acel an, Wayne Rainey a revendicat titlul piloților pentru a treia oară consecutiv. 

În 1993, bătălia dintre piloții de top - Rainey, Schwantz, Doohan, Luca Cadalora (coechipierul lui Rainey) și Daryl Beattie - a fost din nou susținută cu înverșunare. Rainey a condus campionatul până în runda 11, ridicând așteptările la un al patrulea titlu de campionat consecutiv. Din păcate, norocul nu a fost de partea sa. Preluând conducerea în a treia tură la Nations GP de la Misano, a pierdut controlul atunci când a ieșit din primul viraj în tura 10 și a căzut rău. A suferit răni grave la spate, ceea ce a pus capăt carierei sale în curse. Yamaha a fost încă în măsură să câștige titlul constructorilor în acel an datorită punctelor acumulate ale lui Rainey, care l-au plasat pe locul doi în clasamentul final, datorită locului patru al lui Cadalora și pozițiilor finale ale altor piloți Yamaha. 

Pilotând un model YZR500 (OWF9) cu o eficiență mai mare a admisiei datorită unui sistem de presurizare pentru cutia filtrului de aer, Luca Cadalora s-a clasat pe locul al doilea și al treilea în 1994 și, respectiv, 1995. 

Luca Cadalora rode four times on YZR250 (1987-1990) and later a YZR500 (1992-1995, 1997-1998).

Norifumi “Norick” Abe was overjoyed when he won the 1996 Japanese GP.

Începând din 1996 și în anii următori, Norifumi „Norick” și Massimiliano „Max” Biaggi s-au plasat pe locuri din ce în ce mai bune în campionat, pilotând modele YZR500 și mai îmbunătățite, care prezentau pistoane metalurgice cu finisaj în câmp electrostatic, unghi revizuit al grupului în V, arbore conducător și alte inovații. Cu toate acestea, nu au reușit să împiedice concurența să ia titlurile campionatului. Va fi nevoie de șase și 11 sezoane înainte ca Yamaha să câștige din nou titlul constructorilor și piloților la Campionatul Mondial de Grand Prix de 500 cmc. 

Pilotând un model YZR250 (OWB9), cu motor cu doi cilindri în V la 90°, cu un singur arbore cotit și un balansor cuplu-forță, John Kocinski s-a avântat în Campionatul Mondial de Grand Prix clasa 250 cmc pentru prima dată în 1990 și a câștigat campionatul în ultima rundă, după o luptă cot la cot cu pilotul Honda, Carlos Cardús.

Câțiva ani mai târziu, în 1993, pilotul japonez Tetsuya Harada, care a câștigat Campionatul de Motociclism Viteză al Japoniei cu un an înainte, a devenit un pretendent important la titlu în cadrul campionatului, la bordul motocicletei sale TZ250M (0WF3), împotriva piloților de top, precum Kocinski (care se mutase de curând la Suzuki), Biaggi, Capirossi, Reggiani (Honda) și Ruggia (Aprilla), câștigând curse la începutul sezonului și asigurând finișuri cu puncte esențiale. În cele din urmă, minimizând uzura pneurilor în prima jumătate a finalei de la Jarama, Spania, Harada și-a dezlănțuit ritmul în tura 20, depășindu-i pe rând pe piloții menționați mai sus și obținând o victorie senzațională, devenind al doilea campion mondial al Japoniei.

În ciuda numeroaselor încercări și din cauza unor diverse dificultăți, Harada și Yamaha nu au reușit să revendice titlul în clasa de 250 cmc în următorii ani - 1994 (locul șapte), 1995 (locul doi, cu noul model YZR250 introdus în cursa finală) și 1996 (locul opt). 

După o pauză de doi ani în clasa de 250 cmc, Yamaha a intrat din nou în această clasă în 1999 cu piloții echipei de fabrică, Shinya Nakano și Olivier Jacques. Nakano a reușit să obțină locul patru general în acel an, iar Jacques, locul șapte. Cu toate acestea, la începutul mileniului, acești doi piloți vor pune în scenă o luptă dramatică pentru campionat.

TZ125 a revenit în anii '90. În timp ce piloții japonezi au început să urce la nivel mondial în clasa 125 cmc a Campionatului Mondial de Grand Prix, Yamaha a încercat să își extindă baza de motociclism viteză și să recucerească titlul prin reluarea dezvoltării modelului TZ125. Victoria lui Yoshiaki Kato în Campionatul de Motociclism Viteză al Japoniei clasa 125 cmc pe un prototip TZ125 a dus la revenirea modelului TZ125 la Campionatul Mondial Grand Prix din 1993. Jorge Martinez a fost cel care a câștigat în cele din urmă și a obținut pentru Yamaha prima victorie în clasa de 125 cmc din ultimii aproximativ 20 de ani. 

În afara Campionatelor Mondiale de Grand Prix, Yasumoto Nagai, Christian Sarron și Dominique Sarron au făcut echipă pentru Cursa de Anduranță de 24 de ore Bol d’Or din 1994, cu un model YZF750. Au câștigat cursa cu un record nou de 667 de ture.

Yasumoto Nagai at the 1994 Bol d’Or 24 Hours – winning championship’s title with Christian and Dominique Sarron.

#41 Noriyuki Haga won the 1997 All Japan Superbike Championship.

Yamaha a fost, de asemenea, foarte activă în Campionatul Mondial de Superbike. Yasumoto Nagai se afla într-o poziție puternică în campionat atunci când, în mod tragic, a avut un accident fatal în timpul rundei olandeze în 1995. La finalul sezonului, a fost al cincilea clasat. Colin Edwards a reușit să obțină locul cinci în 1996, Scott Russell a obținut locul șase în 1997 și Noriyuki Haga, care s-a alăturat echipei în 1998 și a captivat mulți fani cu stilul său de pilotaj dur, dar nepretențios, a urcat până pe locul doi în cel de-al treilea sezon al său. La finele anilor ’90, Yamaha a introdus modelul YZF-R7 în 4 timpi pentru a înlocui 4YZF750, obținând o experiență și date valoroase pentru dezvoltarea unui motor în 4 timpi, ce urma să fie folosit în Campionatul Mondial de Grand Prix de 500 cmc.

În 1997, Yamaha a intrat din nou în clasa de 500 cmc cu motocicleta de serie în 4 timpi, nou proiectată, ușoară, compactă și de înaltă performanță, YZM400F (0WH2). În acel an, pilotul Yamaha, Andrea Bartolini, a ajuns pe podiumul general de opt ori, inclusiv patru victorii și locul cinci în clasamentul final, cu Peter Johansson pe locul șase. În 1999, după ce a câștigat al șaptelea titlu al sezonului, Bartolini a devenit primul campion mondial de motocros 500 cmc de la Yamaha din ultimii 16 ani. Echipa sa-mate, Puzar, precum și piloții Yamaha Francisco Garcia Vico și Miska alb de la producția YZ400F machines au contribuit la Yamaha la câștigarea celui de-al doilea titlu de producători de 500cc de la 1978.

The YZM400F (0WH2) was Yamaha’s first 4-stroke motocrosser. Its first win was in 1997 when Bartolini won the first moto 500cc Motorcross World Championship round in Italy.

After an unfortunate 1997 season, Doug Henry won the 1998 AMA 250cc Motocross title on a 0WK4 based on the YZ400F production model.

Puterea aparent nelimitată a motocicletei Yamaha în 4 timpi a fost, de asemenea, utilizată pe scară largă în SUA. Doug Henry a câștigat cursa finală a sezonului de Supercross AMA 250 cmc în 1997, cu YZM400F (0WH2), devenind prima persoană care a câștigat un eveniment de Supercross AMA pe o motocicletă de motocros în 4 timpi.

În același timp, a fost revigorată puterea tradiționalului motor în 2 timpi. Yamaha nu mai câștigase un titlu de AMA Supercross încă de la 1989, dar în 1996 și 1997 Kevin Windham a luat titlul Regiunii de Vest în clasa de 125 cmc, urmat de John Dowd (Regiunea de Vest) în 1998, Ernesto Fonseca (Regiunea de Est) în 1999 și Stephane Roncada (Regiunea de Est) în 2000 – toți pilotând modelul YZ125. În clasa principală de 250 cmc, Jeremy McGrath a câștigat trei campionate consecutive (1998-2000) pe un model YZ250M.  Printre toate activitățile sale de curse din anii 1990, Yamaha a excelat cel mai mult la Raliul Paris-Dakar. Deși startul, locația de sosire și rutele s-au schimbat în anii 1990 și, prin urmare, numele său, natura fundamentală a acestui eveniment – raliu de aventură pe distanțe lungi, vaste în Africa – a rămas neschimbată. Acest lucru a fost valabil și pentru factorii victoriei: 1) un pilot cu o tehnică de pilotaj superioară, hotărâre puternică și judecată echilibrată, 2) susținere cu multă experiență, cu cunoștințe și abilități tehnice pentru a face față oricăror probleme sau accidente care pot apărea și 3) o motocicletă off-road de înaltă performanță, care este manevrabilă, rapidă și durabilă. Pentru Yamaha, în principal a fost ultimul factor cel care lipsea în echilibrul optim dintre aceste trei elemente.

Stéphane Peterhansel attending the YZE850T (0WD8), Yamaha’s last factory machine, in 1993. Yamaha took the 1-2-3 podium places that year.

Stéphane Peterhansel won his sixth  Dakar on the in-line 2-cylinder TDM850-based XTZ850TRX in 1998.

În cele din urmă, în 1991 s-a întâmplat. Yamaha a pregătit opt motociclete YZE750T (0WC5) cu performanțe îmbunătățite la turații joase și medii, precum și compatibilitate pentru benzinele de calitate inferioară. Stéphane Peterhansel, Gilles Lalay și Thierry Magnaldi au ocupat toate cele trei locuri de pe podium, obținând pentru Yamaha cea de-a treia sa victorie la Dakar și prima din ultimii 10 ani. Peterhansel a câștigat în continuare de trei ori consecutiv pe o motocicletă YZE750T (0WD8), iar cilindreea motorului a crescut la 850 cmc. 

În 1994, Yamaha nu a avut de ales și s-a retras din cauza modificărilor regulamentului. Dar, în 1995, compania s-a întors cu modelul XTZ850R care respecta reglementările de înscriere, care specificau „nu mai puțin de 15 motociclete vândute pe piața generală”. Stéphane Peterhansel a fost imediat victorios. Edi Orioli a dominat Raliul Dakar din 1996 cu un model XTZ850TR modernizat, iar în 1997 și 1998, Peterhansel a fost din nou câștigătorul, obținând un record de șase victorii în carieră. Yamaha a strâns în total nouă victorii Dakar și a tras cortina peste istoria sa de 20 de ani de competiție de la începutul Raliului Paris-Dakar.

Activitățile de moto-trial ale Yamaha, care au demarat la începutul anilor 1970 cu Mick Andrews, s-au concentrat în primul rând în Japonia în anii '80 și '90. Atsushi Ito și Yamaha au câștigat Campionatul de Moto-Trial al Japoniei în 1987, 1988 și 1990, cu un model TY250R echipat cu suspensie monocross. În 1991, Yoshihiro Nakagawa a fost cel care a câștigat titlul, iar Pascal Couturier a câștigat campionatul în 1993 cu un model de serie TY250Z. În acest timp, economia Japoniei a intrat într-o criză economică lungă, care a avut un impact considerabil asupra industriei motocicletelor.  Încă o dată, Yamaha a redus amploarea activităților sale de curse, iar implicarea sa în curse de moto-trial a fost suspendată inevitabil în a doua jumătate a anilor 1990.

Kings of the African Dessert – Stéphane Peterhansel claims a history-making sixth win in the Paris-Dakar Rally, surpassing Cyril Neveu (five wins).