2000 250cc MotoGP class. The contest between teammates Shinya Nakano and Olivier Jacques began to heat up. The two mounted the podium together ten times, including four 1-2 finishes.

Trieda do 250 cm3 bola svedkom úchvatných súbojov o titul medzi tímovými kolegami Olivierom Jacqueom a Sinyaom Nakanom, pričom obaja jazdili na továrenských motocykloch YZR250 (OWL5). V súboji nakoniec zvíťazil Jacque. Ale Nakano naňho strácal len sedem bodov, čo značke Yamaha prinieslo titul aj pohár konštruktérov. Spoločnosť Yamaha sa však v danom roku rozhodla obmedziť svoju oficiálnu účasť. Na modeli YZR250 naposledy na majstrovstvách sveta Grand Prix v roku 2002 pretekali Sebastián Porto and Shahrol Yuzy. Napriek tomu, že v sezóne 2001 v pretekoch do 500 cm3 pôsobilo osem jazdcov vrátane Maxa Biaggiho, ktorý sa v danom roku dostal na stupne víťazov deväťkrát, nedokázala značka Yamaha titul získať. V roku 2002 debutovali dlho očakávané nové štvortaktné stroje rôznych výrobcov. Navyše to bola posledná sezóna, v ktorej mohli nastúpiť dvojtaktné stroje v triede do 500 cm3. V tom roku dostal šampionát oficiálne názov MotoGP.

Spoločnosť Yamaha, ktorá si zakladala na pretekárskych úspechoch, postavila na rok 2004 radikálne nový model YZR-M1 (0WP3). Ten využíval modernizovaný motor s krížovým kľukovým hriadeľom s nepravidelným intervalom zapaľovania. Úplne inak bol vyladený aj výfuk, ktorý vydával hlboký mohutný zvuk. Kompletným prepracovaním prešiel aj rám – od tuhosti, vyváženia a rozloženia hmotnosti až po geometriu – čo výrazne zvýšilo konkurencieschopnosť motocykla. Okrem diametrálne odlišného továrenského stroja získal tím Yamaha ďalší veľký tromf, keď angažoval úradujúceho majstra sveta – 25-ročného Valentina Rossiho. Rossi bol nielen neuveriteľne rýchly jazdec, ale mal tiež pozoruhodný talent pre vývoj motocyklov. Vďaka týmto schopnostiam získal prezývku „Doktor“. Rossi svoju povesť potvrdil tým, že dokázal z modelu YZR-M1 vyžmýkať viac než 100 % jeho možností. V danej sezóne vyhrával preteky od začiatku do konca (deväť víťazstiev na 16 okruhoch) a získal titul – svoje štvrté celkové víťazstvo v šampionáte. Pre značku Yamaha to bol prvý pohár jazdcov v najvyššej triede po 12 rokoch. 

A new Yamaha champion. Valentino Rossi was not only a title contender. He also played a big role in the development of the YZR-M1.

Laguna Seca 2005 MotGP race. Valentine Rossi and Colin Edwards raced on the YZR-M1 (0WP4) race in a special livery celebrating Yamaha’s 50th Anniversary.

S Rossim bol rok 2005 ešte plodnejší, pretože značka Yamaha získala v seriáli MotoGP trojitú korunu (pohár jazdcov, tímov aj konštruktérov). Nasledujúci rok postihli Rossiho a tím Yamaha havárie aj problémy s motocyklami. „Doktor“ tak sezónu zakončil na celkovo druhom mieste. V roku 2007, keď predpisy obmedzili objem strojov MotoGP na 800 cm3, sa Rossi umiestnil na tretej priečke. V roku 2008 však Rossi získal titul a svoj úspech zopakoval v roku 2009, čím pomohol tímu Yamaha získať trojitú korunu dve sezóny v rade. Ale rovnako ako v prípade všetkých pevných a plodných partnerstiev sa Rossi a Yamaha na konci prvého desaťročia 21. storočia rozišli. V pretekoch majstrovstiev sveta superbikov súťažia stroje vychádzajúce zo štvortaktných sériových motocyklov. Predpisy povoľujúce úpravy sú oveľa prísnejšie, čím sa znižujú náklady, a preto sú menšie rozdiely medzi výrobcami z hľadiska výkonu. To uľahčuje účasť súkromných tímov a vedie k silnejšej konkurencii v pretekoch.

“The Doctor” is giving consultation. His precise feedback helped to set the direction for the machine’s set-up for the years to come.

Rossi: “The 2008 YZR-M1 (0WS5) is one my favourites”. He took nine wins that season and brought Yamaha its second Triple Crown.

Norijuki Haga začal v roku 2000 majstrovstvá sveta superbikov na stroji YZF-R7 v dobrej forme hneď od začiatku a vyhral prvé a druhé preteky. Bohužiaľ, podľa oficiálneho rozhodnutia Haga porušil jedno z pravidiel seriálu. V dôsledku toho mu boli body odpočítané a navyše nesmel nastúpiť do ďalších pretekov. Hoci Haga v tejto sezóne nakoniec štyri preteky vyhral a 11-krát vystúpil na stupne víťazov, titul nezískal a skončil celkovo druhý. Haga sa vďaka svojmu agresívnemu štýlu jazdy stal hviezdou sveta superbikov. Hoci bola značka Yamaha v roku 2001 hlavným uchádzačom o víťazstvo v šampionáte, rozhodla sa ukončiť továrenskú podporu v seriáli, aby sa mohla zamerať na vývoj motocyklov a organizačné vylepšenia pre majstrovstvá sveta Grand Prix, v ktorých sa pripravoval prechod na štvortaktné stroje. Tak Haga začal svoju kariéru jazdca seriálu Grand Prix.

Noriyuki Haga had a breakthrough season in 2000, battling for the World SuperBike Championship title.

Showing their mettle as endurance specialists, Sébastian Gimbert (image), David Checa and William Costes on the Yamaha GMT94 Team won the 2004 Endurance World Championship.

V roku 2005 sa spoločnosť Yamaha vrátila do seriálu majstrovstiev sveta superbikov, pretože v roku 2003 sa zmenili pravidlá, ktoré umožnili pretekať štvorvalcovým motocyklom do 1000 cm3. Základný model značky Yamaha sa zmenil z YZF-R7 na YZF-R1. Yamaha Motor Italy a Yamaha Motor France postavili dva tímy a získali Haga, Andrewa Pitta, Norifumi Abeho a Sébastiana Gimberta. Haga dosiahol najlepšie výsledky – osemkrát stál na stupňoch víťazov a sezónu dokončil na celkovom treťom mieste. Haga pretekal pre tím Yamaha do roku 2008 a v hodnotení jazdcov nikdy neskončil horšie než na treťom mieste. Spolu s tímovým kolegom Troyom Corserem získali v roku 2007 pre značku Yamaha prvý pohár konštruktérov v majstrovstvách sveta superbikov. V roku 2009 vo svojej prvej sezóne vyhral Američan Ben Spies 14 pretekov a stal sa prvým majstrom sveta superbikov na stroji Yamaha. V nasledujúcom roku prešiel do seriálu MotoGP. Modelom YZF-R7 a YZF-R1 podľa špecifikácie superbikov sa darilo aj na majstrovstvách sveta vo vytrvalostných pretekoch. V roku 2000 tím Yamaha Motor France vyhral preteky 24 hodín Bol d'Or na modeli R7. V roku 2004 dosiahol tím Yamaha GMT24 solídne výsledky v seriáli šiestich pretekov s modelom YZF-R1 a vybojoval tak značke Yamaha prvý titul v rámci majstrovstiev sveta Endurance World Championship. Tím Yamaha GMT24 vyhral preteky 24 hodín Bol d'Or aj v roku 2007. Tím Yamaha Austria Racing vyhral úvodné preteky 24 hodín Le Mans s novo vyvinutým krížovým kľukovým hriadeľom v modeli YZF-R1. Vďaka ďalším trom víťazstvám v šesťdielnom seriáli pretekov si tím vybojoval titul majstra sveta vo vytrvalostných pretekoch Endurance World Championship na rok 2009.

Medzitým v roku 1999 vznikli majstrovstvá sveta superšportov určené pre sériové športové motocykle s objemom do 600 cm3. Tímy na čele s európskymi spoločnosťami a dovozcami strojov Yamaha sa presadzovali s modelom Yamaha YZF-R6 a zabezpečili si tak zisk prvého pohára konštruktérov. V nasledujúcom roku získala značka Yamaha vďaka Jörgovi Teuchertovi pohár jazdcov aj konštruktérov. V roku 2001, aj keď do tej doby vedúci Paolo Casole zaznamenal porážku v záverečnom boji o titul, sa jazdci na strojoch Yamaha R6 umiestnili na druhom, treťom a štvrtom mieste a zaistili tak značke Yamaha tretí pohár konštruktérov za sebou. Od roku 2005 sa model R6 presadzoval na majstrovstvách sveta superšportov – Kevin Curtain a Broc Parkes sa striedavo umiestňovali na celkovom druhom mieste v majstrovstvách tri roky po sebe. Cal Crutchlow zavŕšil koniec desaťročia piatich víťazstvami v pretekoch, stál desaťkrát na stupňoch víťazov a 10-krát získal pole position. Majstrovstvá sveta superbikov, majstrovstvá sveta superšportov a majstrovstvá sveta vo vytrvalostných pretekoch Endurance World Championships, ktoré predstavovali vrchol pretekárskych motocyklov vychádzajúcich zo sériových modelov, sa stále odlišovali od seriálu MotoGP a ich popularita po celom svete rástla. Pritom sa organizátori stále zameriavali na vylepšovanie jedinečných hodnôt jednotlivých pretekárskych seriálov.

Jörg Teuchert was the 2000 World Supersport Champion. In 2001 he ranked 3rd, securing Yamaha’s thirds manufacturing’s title.

For the 2nd YAMAHA ASEAN CUP RACE in 2004 50 riders from Indonesia, Malaysia, The Philippies, Singapore and Thailand were chosen to compete.

Keď začala spoločnosť Yamaha v šesťdesiatych rokoch expandovať do zámoria, považovala za dôležité potenciálne trhy aj ázijské krajiny, ako je Indonézia alebo Malajzia, a vysielala japonských jazdcov na preteky v týchto krajinách. Spoločnosť Yamaha v týchto krajinách pokračovala s propagáciou motoristického športu usporadúvaním kurzov jazdy, kurzov pre rodičov s deťmi a pod. Značka Yamaha usporiadala v roku 2003 preteky Yamaha Asean Cup Race – príležitosti pre mladých jazdcov, ktorí začínajú prechádzať z malých pretekov do medzinárodných seriálov a MotoGP – a pokračovala tak vo svojej podpore tohto veľkého sna na celom kontinente. 

V terénnych pretekoch Andrea Bartolini na pretekárskom stroji YZ426F priniesol značke Yamaha svoj štvrtý titul medzi jazdcami a prvý pre značku od roku 1983. V nasledujúcom roku s tímovým kolegom Marnicqom Bervoetsom prešli na vylepšený továrenský stroj YZ426FM, ktorý im mal zabezpečiť ďalší titul. Bervoets sa vďaka vyrovnaným výsledkom umiestnil na druhej priečke. Bartolini, ktorý mal pomalý štart a stratu už nedokázal vymazať, skončil štvrtý. 

Pre sezónu 2001 vyvinula spoločnosť Yamaha model YZ500FM, ktorý si zachoval ľahkú a kompaktnú konštrukciu predchádzajúceho motocykla, no vďaka väčšiemu zdvihovému objemu motora bol výkonnejší. Bervoets a jeho nový tímový kolega Stefan Everts ho v tejto sezóne využili – Everts dominoval štartovému poľu a vybojoval si svoj prvý titul majstra sveta v triede do 500 cm3. Bervoets kryl Evertsovi chrbát počas celej sezóny a udržiaval si dobrú pozíciu v rebríčku. Celkovo skončil na treťom mieste, čím pomohol značke Yamaha získať pohár konštruktérov.

V roku 2002 si Everts znova vybojoval titul medzi jazdcami. V roku 2003 došlo k reorganizácii tried majstrovstiev sveta v motokrose a zrodila sa nová špičková trieda MXGP (ktorá sa v roku 2004 premenovala na MX1). MXGP povoľovala spoločne pretekať dvojtaktným strojom do 250 cm3 a štvortaktom do 450 cm3. Trieda do 125 cm3 (v roku 2004 MX2) umožňovala pretekať štvortaktným motocyklom s objemom do 250 cm3 s dvojtaktnými motormi do 125 cm3 a nová trieda do 650 cm3 (od roku 2004 MX3) postavila štvortaktné motocykle do 650 cm3 proti dvojtaktným s objemom do 500 cm3. Napriek zmenám si Everts aj Yamaha udržali svoju nadradenosť, ktorá vychádzala z dokonalej tímovej práce.

Everts v sedle stroja YZ450F vyvinutom podľa predpisov MXGP v tejto špičkovej triede vyhral všetkých deväť pretekov. Tretí pohár jazdcov si zabezpečil už po štvrtom kole a značke Yamaha vybojoval pohár konštruktérov. V ďalších sezónach na svoje výsledky nadviazal a vybojoval titul v rokoch 2004, 2005 a 2006. Po sezóne 2006 ukončil Belgičan kariéru, počas ktorej získal bezprecedentných 10 svetových titulov a 101 víťazstiev v seriáli Grand Prix. Po neúspešnej sezóne 2007 získala značka Yamaha titul znova v roku 2008 vďaka Davidovi Philippaertsovi. V prvom desaťročí 21. storočia získala značka Yamaha osem svetových pohárov jazdcov a šesť pohárov konštruktérov v špičkovej motokrosovej triede.

Stefan Everts wrapped up his second consecutive title in 2002. Celebrating this with his team manager Michele Rinaldi (on his left).

Chad Reed on a 2-stroke YZ250 during the 2003 AMA 125cc Supercross East Region. He finished second in ranking in the 250cc class before winning the title in 2004.

Približne v čase, keď Bartolini úspešne pretekal, začala spoločnosť Yamaha vyvíjať prvý štvortaktný motocykel v triede do 250 cm3 na svete – model YZ250F. Ernesto Fonseca nastúpil v roku 2000 s prototypom tohto stroja do posledných pretekov majstrovstiev Japonska v motokrose – Grand Prix Japonska – a debutoval víťazstvom. Model uviedli na trh v roku 2001. Fonseca na ňom získal titul v seriáli AMA v super krose do 125 cm3 (západná oblasť) a Hisaši Tadžima s ním vyhral triedu do 125 cm3 japonského šampionátu. 

V roku 2002 získal Chad Reed titul AMA v super krose do 125 cm3 v rámci východnej oblasti a v triede MX2 bol v rokoch 2005 a 2007 sa šampiónom stal Antonio Cairoli na stroji YZ250F. Ale v triede do 250 cm3 majstrovstiev AMA v super krose boli dvojtakty so svojou ľahkosťou a výbušnou silou konkurencieschopnejšie, preto sa im štvortakty nedokázali vyrovnať. Tri tituly za sebou Jeremyho McGratha (1998 – 2000) a prvenstvo Chada Reeda v roku 2004 dosiahli jazdci na dvojtaktnom stroji YZ250. Keď však v roku 2006 predstavili nový model YZ450F s hliníkovým rámom, takmer každý superkrosový tím – vrátane značky Yamaha – prešiel na štvortaktný stroj. V roku 2008 získal Reed ďalší titul pre tím Yamaha a v ďalšom roku naňho nadviazal James Stewart.

The MX2 class of the Motocross World champion in 2005 saw numerous riders on the YZ250F. Antonio Cairoli would come out on top by winning the thirteen motos and taking the rider’s title and giving Yamaha the manufacturer’s title.

David Frétigné on the WR450F 2-TRAC at the 2004 Paris-Dakar Rally. He was winner of the 450cc Super Production class and ended overall seventh.

Okrem majstrovstiev sveta v motokrose sa tím Yamaha Motor France vrátil na 26. ročník rely Dakar s Davidom Frétignéom na modeli WR450F 2-Trac, ktorý využíval hydraulický pohon obidvoch kolies. Preteky úspešne dokončil, vyhral triedu Super Production do 400 cm3 a vybojoval si v kategórii motocyklov celkovo siedme miesto. V roku 2005 skončil celkovo na piatom mieste a opäť zvíťazil v triede Super Production do 400 cm3. Keď sa 31. ročník rely Dakar v roku 2009 presunul do Južnej Ameriky, Frétigné na stroji WR450F skončil celkovo tretí . Dobrodružstvo značky Yamaha v púštnej rely pokračovalo aj v nasledujúcom desaťročí.